菌種的保存方式取決於菌種的特性，不同的菌種有不同的保存方式。在普通實驗室 使用方法最方便。隻需-60〜-85℃的冰箱即可：
瓊脂斜麵菌種
許多菌株都能在瓊脂斜麵上保存(如營養瓊脂、麥芽抽提汁瓊脂），不同的菌株選用不 同的培養基。瓊脂斜麵能在試管中或螺帽瓶屮製作，後者可以防止培養基幹燥。菌株一 旦生長，就要避光保存在室溫或冰箱中，但必須根據不同的菌株類型，以一個月至兩年的 間隔進行轉接
乳酸菌的保存
乳酸菌不適合在有氧的固體培養基表麵生長，適合在液體培養基中保存（如酵母糖白堊石蕊乳或Robertson皰肉培養苯），2〜4個月轉接一次。含有牛奶或糖的培養基要加入白堊以防止培養基的pH過低。在酵母糖白堊石蕊乳的凝結奶層中的細菌死亡後，白堊 沉澱中仍有活菌株存在。
厭氧菌的保存
厭氧菌不能在有氧的間體培養基表麵生長，隻能在氧氣較少的環境下生長，菌種最長要每一年轉接一次‘
-60~-85℃玻璃珠保存法
該方法可以對菌株連續保存，非常實用，例如為生化測試提供已知的陽性和陰性菌 株。但與凍幹保存比較，該方法在資金和能源上的消耗較大。將直徑2〜4mm的玻璃珠 分裝到小螺帽瓶中(每瓶最多裝30粒），高壓滅菌。將菌株加人到培養基懸液中製成混懸 液。采用無菌操作將混懸液轉人有玻璃珠的無菌瓶中。攪動混懸液包被玻璃珠,用無菌 的移液管將多餘的懸液移走。對螺帽瓶標記後放入有分隔的-60~-85℃箱中保存。 使用不同顏色的玻璃徠有助於菌株的辨別，建議建立菌種保存目錄，以減少取出菌種時 冰箱的開門時間、使用時隻需取出一粒玻璃珠,放入含有所需培養基的試管或培養瓶中 培養。在常規的液體培養基一般需氧菌為營養肉湯,厭氧菌為強化梭狀芽孢杆菌培養基 ，嗜鹽菌為加鹽哲養肉場培養基]中混入15%的甘油得到需要的懸液培養基。整 套保存係統在市場上有售
油保存法
將經過瓊臘斜麵培養或穿刺培養後的菌株用已滅菌的石蠟或礦物油全部覆蓋[將待 滅菌的石蠟少量分裝到三角瓶中（注不要裝得太多，以免滅菌不徹底），然後 在160℃幹燥箱中滅菌1〜2h。用這種方法保存的菡種可以保存幾年不用轉接。盡管 Onions及其同事認為采用該方法保存的一批真菌會產生非典型菌落,但對於小真菌來 說,這仍是一種非常適合的保存方法。
凍幹保存法
該方法是將菌種凍幹後保存在密封的真空安瓿瓶中，安瓿瓶可放在室溫或冰箱中保 存。這樣保存的菌種能夠存活許多年。這種方式特別適用於菌種的儲藏和運輸。
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