菌落計數結果高預示著水質受到了汙染且有非水源性細菌的存在，但並不能說明水受到了糞便、未淨化的汙水等的汙染,受汙染的水中的細菌大多數為土壤中的腐生菌。因 此，僅憑菌落計數結果高不能說明就有腸道致病菌存在，但菌落計數高確實讓人不可接 受、因為它增加了食品的危害性。
糞便汙染可導致水中腸道致病菌的存在,這些細菌包括大腸埃希氏菌、類腸球菌、產 氣莢膜梭狀芽孢杆菌，也可能有如沙門氏菌、大腸杆菌0157:H7彎曲杆菌、霍亂弧菌和 耶爾森氏菌等腸道致病菌的存在。在一定條件下，腸道致病菌能在水中存活相當長時間
一些病毐性疾病也可通過水進行 傳播。目前濃縮和檢測病毒的方法主要是檢測組織細胞培養後產生的細胞病變。許多質 量保證實驗室還不具備病毒檢測的能力
許多原生動物也存在引起水源性疾病的危害，這些病原微生物有小球隱孢子蟲 、表吮賈第蟲和痢疾變形蟲。這些原生動物可產生包囊而抵製不利的環 境因素，例如經氯處理的水中，小球隱孢子蟲的包囊對氯的抵抗力很強，而含有這種原生 動物的飲用水中很容易引發疾病。1993年，在芙國密爾沃基的一次大的流行病中，估計 約有403000人被感染。美國環境保護署建議飲用水中的小球隱孢子蟲和表吮賈第蟲的 包囊數的檢出限為＜1個/L世界衛生紺織(WH0，1993)已討論過檢測隱 孢子蟲和賈第蟲的濃縮方法。在英國，已研製出用筒式濾器(一次可處理100L水樣）處 理水樣的方法。過濾後再將濾膜上收集的物質洗滌、離心後懸浮到葡萄糖溶液中，碘液染 色後用顯微鏡觀察賈第蟲的包囊；而隱孢子蟲包囊則用熒光染色標記的抗體進行染色。 現在己經有用於這類原生生物檢測的改進的商品化的抗體檢測係統。免疫磁珠捕捉技術 也在加緊研製之中
水中其他微生物的危害還包括由藍藻細菌產生的毒素。 如魚腥藍細菌、顫藍細菌、藍束絲藍細菌、節 球藍細菌、微胞藍細菌、念珠藍細菌和筒胞藍細菌等產生的毒素
另一類危害是由銅綠假單胞菌屬的條件致病菌所引起的。 這類細菌作為腐生菌廣泛存在於自然環境中，能在許多水生環境中生存、生長和繁殖。飲 用水中的銅綠單胞菌通常並不引起腸炎等疾病，但卻能造成傷口感染等接觸性疾病的發 生（WHO，1996)。
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