水樣的微生物檢測主要是針對飲用水或預計用作飲用水的樣品進行的，檢測的目的 是判斷水是否能被飲用。水中存在的細菌主要有三種類型：①水中本身帶有的細菌；② 土壤中的常駐菌；③寄生於人類和其他動物腸道中的正常菌。通常水中主要的細菌是革 蘭氐陰性菌(包括假單胞茵、黃杆菌、噬細胞菌、不動細菌和色素杆菌等），但也有一些革蘭 氐陽性菌(棒狀杆菌、微球菌和杆菌）。水中少數的細菌是很難培養的，但大多數能在CPS 培養基等低濃度的培養基中生長。水中絕大多數微生物不 能在標準的營養瓊脂或平板計數瓊脂上生長。這些微生物的最適生長溫度為25℃或更 低。且需在平板培養14d營養瓊脂或平板計數瓊脂上生長的細菌數常常隻有在CPS 培養基上生長數的1/10。土壤中的常駐菌受雨水衝刷後進人溪流、池塘等地,這些細菌中有芽孢杆菌、鏈黴菌和腸杆菌科的腸杆菌素。它們的最適生長溫度為25℃左右，並能 在營養瓊脂或平板計數瓊脂上生長。
CPS培養基上活菌計數的結果取決於水樣的來源。未汙染的河水水樣在平板上生長 的菌落數相對少，大約為100個/mL。盡管在暴雨後大量的土壤微生物被衝刷進河水 中,但平板上菌落數的多少還要取決於河水的溫度。城鎮下遊的水樣中細菌數一般較多， 部分原因是汙水和工業用水排入河流所引起的。從城鎮的河流入口處取水樣檢測，細菌數會超過106/mL，而一般受汙染的河流中細菌計數大約在104~2X 105/mL未汙染的湖 泊和水庫中的菌落總數一般為100個/mL或更少，但這一數值會受到水溫的影響；未汙染 的深井水正常情況下菌落總數約為100個/mL或更少，發生汙染時(如井發生滲漏）菌落 數可能會很高,但一般仍然會低於104個/mL平板計數瓊脂計數時，菌落總數大約是用 CPS培養基計數結果的1/10,但對於嚴重汙染的水樣，兩種瓊脂在菌落計數上無顯著 差別
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