大多數罐裝食品是無菌加工而成的，但也有一部分卻不是。例如pH低於4. 5的食 品在熱加工後，足以殺死黴菌、酵母菌和它們的孢子以及細菌的營養體，卻不能殺死芽孢， 但這些芽孢通常在酸性食品中不能萌發和生長;pH高於4.5的罐頭食品在足夠的熱處理 後，也足以殺死肉毒梭狀芽孢杆菌的芽孢。但罐裝的醃(熏）肉製品卻例外，這些食品不能 釆用嚴格熱處理，因為過度加熱會使產品品質遭到嚴重破壞。這些食品一般采用輕度的 熱處理，因為產品中的亞硝酸鹽、硝酸鹽和氯化鈉能抑製微生物的生長，再結合冷凍保存 和規定的保質期便能在一定程度上保證食品的質暈。但火腿罐頭和類似食品中可能會存 在芽孢菌或腸球菌，卻不應有革蘭氏陰性細菌，因為革蘭氏陰性菌的存在意味著加工過程 達不到無菌要求或在加工後造成冉次汙染。
與罐裝食品相關的非致病性腐敗微生物(尤其是平酸菌，如嗜熱脂肪芽孢杆菌）的芽 孢在數量和耐熱性均比肉毒梭狀芽孢杆菌的芽孢強,所以這類食品中非致病性嗜熱菌 的檢測足以評價其熱加工的效果。
熱處理後的罐頭通常用水來冷卻。突然冷卻產生的收縮力可能會使罐頭的焊接處出 現滲漏，這時，少量的冷卻水就會進人罐頭。所以加工用冷卻水的水質應比飲用水的質量 好，水中的含菌量應小於100個/mL,這樣才可將加工過程的汙染減少到最低程度。加工 後的汙染可能涉及多種微生物，包括黃杆菌、球 菌或其他非芽孢菌，都可引發加工後的汙染。
從一批罐頭中抽取一個樣品進行實驗室檢測並不是合適的質量控製方法c正確的質量管理方法是在遵循良好操作規範的基礎上，應用HACCP程 序，同時采用實驗室分析，作為質量管理程序運行是否有效的驗證措施。另外，要加強對 原材料微生物的狀況控製。因為若微生物的數量較高，盡管在熱處理後微生物數量大幅 減少，但一些細菌仍具有生存能力，從而會導致產品質量不合格。
如果檢測工作與可能發生的食物中毒有關，就需要檢測相關的病原菌、產毒細菌或其 毒素，可使用類似產品的檢測方法對未裝罐產品在儲存前後進行無菌測試。致病菌的檢 測包括肉毒梭狀芽孢杆菌、產氣莢膜梭狀芽孢杆菌、金黃色葡萄球菌、沙門氏菌和誌賀氏 菌，在產品中不應檢出這些致病菌。當在顯微鏡下觀察有大量細菌存在，而卻未檢測到活 菌時，表明食品的腐敗可能發生在裝罐之前。
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