奶的常規微生物測試一般需1~2d才能得到結果，很不適用於這種極易腐敗產品的 質量控製。這類產品的質量控製應在進行巴氏滅菌後，用磷酸酶試驗進行驗證。
然而，很多經過巴氏滅菌的奶在很容易造成巴氏滅菌後汙染，導致沙門氏菌或彎曲 杆菌腸炎的暴發。一個分流閥的狹縫汙染造成了疾病的暴發；菌體汙染了與清潔的環路 連接的管道的閥門也曾引起過疾病暴發。這都是因為極少量汙染了致病菌的生奶進人 巴氏滅菌奶，而磷酸酶試驗又檢測不到這類汙染，從而造成疾病的暴發：巴氏滅菌後的 奶加人其他風味飲料或熱敏成分同樣可能造成汙染。美國曾暴發的鼠疫就是這樣發生 的；當吋，加工廠在巴氏滅菌奶巾添加了巧克力糖漿，由此帶入了小腸結膜炎耶爾森氏菌。
因此，除了可用於質量控製的磷酸酶試驗外，微生物評估也能起到保證質量的作用， 它通過對產品的生產、發放和銷售的評估，來確定下一批產品的是否合格：顯然，此時使 用控製流程圖十分有用。
在30~32℃進行需氧嗜溫菌計數，也可進行大腸杆菌或總腸道菌計數。巴氏滅菌 後，總活菌數不能超過30000/mL(新鮮巴氏滅菌奶應小於5000/mL)。在1ml產品中應 檢測不到腸道菌(或大腸杆菌）。
巴氏滅菌奶在食用前冷藏保存，所以30℃需氧嗜溫菌計數會有所增加（在30℃下培 養時還可檢出多數嗜冷嗜溫菌）。但在保存良好的巴氏滅菌奶中，大腸杆菌和其他腸道細 菌不應當增加。所以在批發零售的奶標準中,不允許這些菌增殖。
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