雖然在孵化過程中雞蛋和鴨蛋極易被沙門氏菌汙染，但剛產的蛋是無菌的。後來蛋 殼由於糞便、灰塵等汙染攜帶了大量細菌。這些細菌包括竿蘭氏陽性菌（如微球菌、葡萄 球茵、節杆菌和芽孢杆菌)和革蘭氏陰性菌[如假單胞菌、埃希氏菌、腸杆菌、變形杆菌、沙 雷氏菌、氣單胞菌和不動杆菌一產堿杆菌一黃杆菌族中的菌種。蛋中分離到的細菌大多是革蘭氏陰性菌，一般隻存在於蛋的外表麵，簡單 粗糙的處理或用水洗蛋殼表麵就會使蛋殼的通透性增大，有利於汙染物通過蛋殼衷麵，使 內容物受到汙染，而於法處理則會避免這種現象的發生。
雞蛋成批存放時，整蛋、蛋白或蛋黃極易被蛋殼表麵的微生物汙染，而且隻要一隻蛋 中有噬菌體PT4耶腸炎沙門氏菌這樣的細菌，整批蛋就會遭到同水平汙染。而且PT4腸 炎沙H氏菌還可以造成垂直傳播，即由母雞通過雞蛋傳播給小雞。PT4型腸炎沙門氏菌 也是英國等歐洲國家的主要食源性病原體。因此，不進行巴氏消毒的成 批蛋不允許進行貿易或銷售。所有的蛋在幹燥或冷凍前均要進行巴氏消毒。據報道在美國曾暴發過一係列PT4型腸炎沙門氏菌的中毐事件。
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