“指示菌”一詞可用於任一群在分類學、生理學或生態學上相似的微生物，它們的存在 與否可指示樣品在過去或現在所具有的而不能直接證明的某些特征。指示菌通常是腸道 菌,但某些情況下其他菌群也可作為指示菌。例如，如果食品已經過熱處理，但依然存在 革蘭氏陰性菌，說明熱處理不夠徹底(相對於這些細菌的起始數)或熱處理後又被汙染、 大腸菌群隻是革蘭氏陰性菌的一類,對熱處理沒有太靈敏的指示作用,但現在仍使用大腸 菌群計數檢測食品的熱處理後的效果。
“指標菌”一詞是1977年(Mossel，1981，1982)由Ingram提出，作為指示生態特征相 似的一類致病菌的可能存在的標誌，同時保留了上段所定義的指示菌含義
指示菌用於品質鑒定的曆史可追溯到飲料添加劑中的微生物檢測，當時用大腸杆菌 等腸道共生菌的檢測來指示是否有腸道致病菌存在。即大腸杆菌被用作指示菌(或我們 所定義的指標菌），指示菌需滿足以下條件：
(1) 凡有致病菌存在的地方就要有它的存在；
(2) 數量要比致病菌多得多；
(3) 對環境或其他處置過程的抵抗力比致病菌強。
多年來，指示菌的使用都能滿足這些條件;例如沙門氏菌被用作菌株受氯化作用影響 的指示菌，但有證據表明滅活某些病原性病毒要比殺滅指示菌慢得多(Boiide 1977),隱孢 蟲屬的孢囊對氯消毒法也有非常強的抵抗力。
如果我們將大腸杆菌作為食品中腸道致病菌的指示菌，在對許多食源性疾病的檢測 中，按照上述條件,它至少有一條不能滿足要求。雖然缺乏直接的證據，但用食品中不存 在大腸杆菌來作為食品的安全標誌仍值得懷疑。
食品微生物中理想的指示菌或指標菌的特征如下：
(1)指示菌應能夠以一種陽性方式間接指示出要評價的環境； .
(2)它應與被評估的環境有數量相關關係，而且這種關係應便於其自身的評估；
(3) 它應通過簡單的特征或反應對細菌的族或種作出明確的判斷；
(4) 它在人工培養基中的生長不受任何其他微生物的影響；
(5) 除非其分布的特性與所要評價樣品的分布特性一致，否則它在樣品中應隨機分布。
常用的指示菌和指標菌將在下文分別討論。
大多數指示菌和指標菌的計數常用選擇性培養基,但在複蘇階段使用非選擇性培養 基能獲得較高的複蘇率。
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