選擇和鑒定培養基
多數選擇性培養基具有鑒定能力，能夠區分生長在培養基上的目標微生物〈即被檢微 生物）和其他微生物。選擇一些可疑的菌落(菌落具有3標微生物的典型的鑒定特征〉做確證試驗。國際標準化組織（ISO）采用的標準方法通常規定從平板上選擇五個菌落，並 用選擇性培養基做驗誣實驗。
需要注意的是采用僅挑選典型的菌落進行確證和鑒定試驗的方法經常導致那些非典 型的菌落被忽略,例如在選擇沙門氏菌時若隻從培養基中挑選不發酵蔗糖和丨或乳糖的菌落，將會忽略沙門氏菌屬中其他的一些菌種，也就不可能了解這些菌種的發生頻率及其重 耍性。
厭氧培養法
專性厭氧菌必須在無氧的環境中培養。這種環境既可以通過使用含有還原物質的天 然培養基來獲得，也可以通過在培養基中添加各種還原物質 (如葡萄糖、半胱氨酸)來獲得。培養基的保存時間不應太長。培 養基中溶解的氧可以通過加熱除去，空氣中的氧可以通過密封，或通過深層瓊脂培養基的 凝固進行隔離，也可將菌種接種在無氧的環境中。實際操作中常用的方法是將物理和化學方法結合使用來獲得厭氧條件。
一些要求很嚴格的厭氧菌，特別是不生孢子的類杆菌科細菌的生長需要完全的無氧環境，否則這些菌就會死亡。對於這類微生物，在樣品處理、培養物和培養基製備時最好 采用特殊的技術。然而，由於這類厭氧菌(通常是腸道菌)對氧極度敏感， 在許多食品中會很快死亡，因此食品微生物學家尚未對它們進行廣泛的研究。
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