目前PCR 技術已應用於微生物檢測有三種方法：
（1）使用一套特異性的引物或一套由一個特異引物和一個普通引物所組成的引物，此種PCR 技術僅產生一種產物。
（2）用任意引物，得到一群長短不一的DNA 片段混合物，即RAPD — PCR(隨機擴增多態DNA 分析多聚酶鏈反應技術)，此方法可以鑒別出腐敗菌的種及其亞種。
（3）嵌套多聚酶鏈反應技術，由於某些微生物會對PCR 產生幹擾，研究者對PCR 技術做了進一步的開發，這就是嵌套多聚酶鏈反應技術的應用。該技術區別於以上兩種方法的機理在於操作中需要兩套引物，第一套用於產生擴增的D N A 片段，此片段中含有第二輪PCR 引物的結合位點，第一輪反應產物被等分轉入第二輪P C R 引物，擴增靶D N A。
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