黴菌的菌落形態特征鮮明，容易識別。其菌落較大，質地疏鬆，不透明，呈現或鬆或緊的蛛網狀、棉絮狀、絨毛狀或氈狀，菌落和培養基的連接十分緊密不容易挑取。菌落的正反兩麵的構造和顏色，以及邊緣和中心的顏色和構造都不相同。
菌落正反顏色的差別是由於氣生菌絲的子實體和孢子的顏色比營養菌絲的顏色深；而中心和邊緣的差別則是因為接近中心的氣生菌絲年齡大，分化發育的時間長，比邊緣尚未分化的氣生菌絲顏色要深，構造也複雜。
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