質控菌種應具有穩定特性，能代表其種並能有效地證明實驗室特定培養基的最佳性能。測試菌種應可溯源至國家或國際公認的菌種收藏中心，也可以是實驗室自己分離的具有良好特性的菌種，但必須對照標準菌株進行鑒定。實驗室應檢測和記錄儲存菌株的相關特性，新複蘇的菌種可能會有非特異性反應。最好使用從食品中分離的菌種。
培養基的質控菌種應具備以下性能：具典型反映的強陽性菌種；弱生長的陽性菌種（選擇更敏感的菌種）；無生化反應的菌種；完全抑製菌種。
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