1.病原檢查
在寄生蟲感染中，檢查出寄生蟲病原體是確診的依據。根據臨床診斷提供的線索，通過標本的采集、處理、檢驗、分析等，做出明確結論，為臨床治療和流行病學調查提供可靠的依據。根據寄生蟲的種類、在人體的發育階段和寄生部位的不同可采集相應的標本（糞便、血液、陰道分泌物、尿液、痰液、組織活檢或骨髓穿刺等），采取不同的檢查方法。對於肉眼可見的大部分蠕蟲和節肢動物，根據其標本來源和形態特征可作出初步判斷，如糞便中的蛔蟲、蟯蟲、絛蟲節片、組織中的蠅蛆等；對於原蟲等肉眼無法見到的小型寄生蟲，如阿米巴原蟲、陰道毛滴蟲、瘧原蟲、各種蠕蟲的卵、疥蟎、蠕形蟎等則須借助顯微鏡觀察。病原體檢查的質量取決於檢驗醫生的責任感和對寄生蟲的形態、生活史、致病等基本知識和基本技能的掌握程度。
2.免疫學檢查
有些寄生蟲病難以根據症狀或體征及病原檢查作出診斷，此時需采取免疫學方法輔助診斷。在感染早期、輕度感染、單性感染（僅有雄蟲）、隱性感染或由於特殊的寄生部位而使病原檢查十分困難以及在流行病學研究中，免疫診斷具有突出的優點。所用的抗原包括同種抗原、生活史某期特異性抗原或基因工程抗原。根據反應原理分為皮內反應和血清學試驗（沉澱反應，凝集反應和標記反應）。檢測物質包括特異性抗體、循環抗原、免疫複合物。近年來也有學者檢測細胞因子以了解機體的免疫狀態、抗蟲感染的免疫機製或作為療效評價的參考。此外，嗜酸性粒細胞計數和嗜堿性粒細胞脫顆粒試驗也可用於蠕蟲感染的輔助診斷。上世紀70 年代以來，免疫學及免疫學技術取得了長足的進展。近年發展起來的蛋白質芯片技術可望為寄生蟲感染的免疫診斷帶來又一技術突破。免疫診斷方法應具有高度的特異性（specificity）、敏感性（sensitivity） 和可重複性（reproducibility），醫學教育`網搜集整理同時應具有簡便、經濟、快速且便於基層社區實驗室操作等優點。此外，理想的免疫學診斷還應具有能夠判別現症感染、估計感染度和療效考核的價值。
3.分子診斷
檢測的靶物質為寄生蟲基因組中特異性的DNA片段。例如根據堿基互補原理可設計並標記DNA 探針（probe）進行原位雜交（in situ hybridization）；也可設計合成引物進行聚合酶鏈反應（polymerase chain reaction，PCR），擴增樣本中微量的DNA片段。將免疫檢測技術與基因擴增技術嫁接而創立的PCR－ELISA ，用於瘧原蟲的檢測，最低可測閾值為0.001％的原蟲密度。本世紀之交發展起來的DNA 微陣列（DNA microarray），或稱DNA芯片（DNAchips）技術通過高通量、自動化的DNA 雜交檢測，可在一張芯片上同時檢測成千上萬個DNA 片段，將為包括寄生蟲病在內的感染性疾病和遺傳性疾病的基因診斷帶來一場革命。理論上， 檢測某種寄生蟲的特異性DNA片段與檢測蟲體具有同樣的診斷價值。
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