一、快速、大量繁殖優良品種
組織培養與傳統的無性繁殖相比，工作不受季節限製，而且經過組織培養進行無性繁殖，具有用材少、速度快等特點。組織培養雖然有用材少、增殖率高的優點，但成本較高，一般在母株材料少而需短時期內大量增殖和培育脫毒苗時才應用，如母株材料多且沒有褪化時，還是以傳統繁殖方法為宜。
二、在花卉育種上和利用
在花卉育種上，應用很廣泛，主要在胚胎培養、單倍體育種、體細胞雜交和植物基因工程等方麵應用較多。通過組織培養，可縮短育種年限和世代，也有利於基因突變中隱性突變的分離。
三、花卉的提純複壯
運用組織培養，苗木的複壯過程很明顯，對於長期運用無性方法繁殖並開始退化的花卉品種，如康乃馨可采用組培方法繁殖，可使個體發育向年青階段轉化。
四、獲得無病植株
一些用無性繁殖方法來繁衍的花卉種類，如康乃馨、菊花、鬱金香、水仙、百合、鳶尾等，不能通過種子途徑去除病毒。由於利用植物體的一部分繁殖，易導致病毒積累，危害加重，影響了花卉的觀賞效果。而植物在莖尖生長點區幾乎不含或含極少病毒，因為該區無維管束，病毒難以進入，所以莖尖培養成為獲得無病毒植株的重要途徑。
五、種質資源的保存
很多無性繁殖的植物因沒有種子供長期保存，其種質資源傳統上隻能在田間種植保存，耗費人力物力，且資源易受人為因素和環境因素而丟失。而用組培方法，可大大節省人力、物力，大大延長保存期。
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