通常按發酵中某一方麵的情況，人為地分類為如下幾種方式：
1）按對氧需要或不需要：好氧發酵和厭氧發酵
2）按培養基是液態還是固態：液態發酵和固態發酵
3）按發酵是在培養基的表麵或深層進行：表麵發酵和深層發酵
4）按發酵是間歇性或連續進行：分批發酵和連續發酵
5）按菌種是否被固定在載體上：遊離發酵和固定化發酵
6）按菌種是單一還是混合的菌種：單一純種發酵和混合發酵
現代發酵工業大多數是好氧、液體、深層、分批、遊離、單一純種發酵方式結合進行。
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