（1）梭菌屬（Clostridium）
嚴格厭氧，發酵能產生有用的終產物：乙醇、丁醇、丙酮，第一次世界大戰的爆發導致梭菌發酵走向實際應用。1916年，丙酮丁醇梭菌（Clostridium acetobutylicum)的發酵成為產生丙酮的主要途徑，從100噸糖漿中能生產出12噸丙酮。
（2）乳杆菌屬(Lactobacillus)、明串珠菌屬(Leuconostoc)、片球菌屬(Pediococcus)、鏈球菌屬(Streptococcus)
通常稱為乳酸細菌。能發酵葡萄糖產乳酸，耐酸性好。其中一些菌株常用於生產奶酪和發酵乳製品，全世界年產量2000萬噸，產值達500億美元。
（3）芽孢杆菌屬(Bacillus)
與梭菌不同，能在有氧時生長，是土壤的優勢菌。許多芽孢杆菌能產生胞外水解酶，降解蛋白、核酸、多糖和脂類。其中有些酶已大批量生產用於商業：蛋白酶可用於洗滌劑；多糖水解酶可用於降解澱粉。
有些芽孢杆菌是昆蟲致病菌，其中蘇雲金芽孢杆菌(B.thuringiensis)已被大規模開發用作殺蟲劑。
一些芽孢杆菌合成的抗生素在生產上已具有一定商業規模，如來自枯草芽孢杆菌(B.subtilis)的杆菌肽和來自多粘芽孢杆菌(B.polymysa)的多粘菌素。
（4）纖維單胞菌屬(Cellulomonoas)
此屬最顯著特點為能降解纖維素。利用纖維單胞菌產生的纖維素降解酶可將富含纖維素的植物原料轉變成酒精和蛋白質。
（5）棒狀杆菌屬(Corynebacterium)
本屬中的一個種，即穀氨酸棒杆菌(C.glutamicum)是著名的味精生產菌，它能將原料中的大部分物質轉換為穀氨酸，且將其分泌到培養基中。
（6）鏈黴菌屬(Streptomyces)
鏈黴菌以分支菌絲生長，孢子繁殖，與真菌特征相似，卻為原核生物。灰色鏈黴菌(S.griseus)能產生高效抗菌物質——鏈黴素。在其他鏈黴菌中還相繼發現了多種抗生素，包括四環素、紅黴素、新黴素和慶大黴素等。
（7）棲熱菌屬（Thermus）
此類微生物首次發現於溫泉中，為真細菌中目前所知的最嗜熱細菌，最適生長溫度70℃~72℃。水生棲熱菌（Thermus aquaticus）是熱穩定DNA聚合酶（Taq聚合酶）的主要來源，此酶在PCR擴增基因時很有價值。Taq聚合酶基因已在大腸杆菌中得到克隆和表達，可以大規模生產。
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