微生物通過細胞膜與外界環境進行物質交換，因此細胞的透性與微生物吸收營養物質關係極為密切。物質運輸有四種方式。
一、 單純擴散
這是物理擴散作用，被吸收的物質是靠細胞內外的濃度差或電位差為動力，溶質分子從濃度高的區域向濃度低的區域擴散，細胞被動接收這些物質，稱為被動吸收，這個擴散過程不消耗能量，氣體、水、溶性，脂溶性物質都是通過這種方式進入細胞內，細胞內外濃度相等停止進入，由於細胞內物質不斷消耗，使細胞內始終保持較低濃度，因此細胞外的物質能不斷的進入細胞內，隻是物質以這種方式進入細胞內的速度很緩慢。大腸肝菌吸收鈉離子，就是以這種方式進行的。
特點：
1、物質進入細胞的動力是細胞內外的濃度差。
2、這種運輸方式不消耗能量。
3、沒有特異性，被運輸物質不與膜上物質發生任何反應，物質不發生化學變化。
二、促進擴散
促進擴散也是以物質的濃度梯度為動力，與上種方式不同的是這種運輸過程有膜載體參加，起“渡船” 作用，把物質由膜外運至膜內。（膜上蛋白種類多主要起酶與載體的作用）。膜載體又稱載體蛋白質1、有很強的特異性。2、在運輸的過程中，本身不發生變化。3、能加快物質運輸的速度。因此將這種載體蛋白歸於酶類，通稱滲透酶細胞中有多種滲透酶，一種酶至少可幫助一種物質進行運輸。
運輸過程是：膜載體在膜外與營養物質親合力強，與這種物質親合強，與這種物質結合，進入細胞親合內降低釋放營養物質，像渡船一樣，膜外鹽貨，膜內卸貨，這種擴散方式比單純擴散速度快。膜內外親合力的改變與載體分子構型改變有關。
特點：
1、物質運輸動力是細胞外的濃度差。
2、運輸過程不消耗能量。
3、有膜載體參加，膜載體（滲透黴）有特異性。運輸葡萄糖的載體隻運輸葡萄糖。這種運輸方式多發生在真核微生物，原核生物少見。
三、主動運輸
在能量參與下，膜載體（滲透E）逆濃度梯度在細胞內積累營養物質過程，稱為主動運輸。
微生物在繁殖過程中，需要多種營養物質，主動運輸的物質，不受物質濃度梯度的影響，而進入細胞這種物質的攝取是逆濃度梯度被抽進細胞內的。即物質是從終濃度向高濃度運輸的。如大腸杆菌在運輸乳糖、半乳糖等糖類、AA和K、Na、Ca離子等就是通過這種方式進行的。使各種物質在細胞內高度積累，細胞內的濃度比細胞外高得多，如半乳糖比細胞外高500倍，K＋高於細胞外300倍，膜載體與被運輸物質具很強的親合力。
運輸過程是：膜載體與被運送物質結合成載體複合物進入膜內，在能量的參與下，載體發生構型變化，親合力降低，運輸的營養物質被釋放出來，運輸過程中營養物質不發生任何變化。
特點：
1、被運送的物質可逆濃度梯度進入細胞內。
2、要消耗能量，必需有能量參加。
3、有膜載體參加，膜載體發生構型變化。
4、被運送物質不發生任何變化。
四、基團移位（轉位）
另一種主動運輸方式是基團轉位，是在研究糖的運輸發現的，運輸過程中需要能量，被運輸的物質發生化學變化的運輸叫基團移位，許多糖就是靠基團移位進行運輸的。這種運輸方式是微生物通過磷酸轉移酶係統來運輸營養物質的。
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