在人體的皮膚、黏膜和腸道上，有大量的微生物，它們的數量非常龐大。雖然一部分微生物具有致病性，但絕大多數是無害甚至有益的。這些微生物被稱為微生物群落。它們就像器官一樣行使實質性功能。很多食物單憑自身是不能消化吸收的，一些微生物會合成維生素和其它必需的元素來幫助消化吸收。此外，微生物群落還可以分解藥物和毒素。調節先天性和獲得性免疫，保護宿主避免感染和免疫紊亂。
關於人體微生物與疾病的研究，大部分集中在腸道。因為腸道中的微生物占人體微生物的絕大多數，一旦失調，就會產生一係列疾病。人與人之間的生物群落沒有完全一致的，但大致上相似。盡管細菌種屬不同，但它們的基因功能是相同的。
人體從一出生開始就有微生物寄生，在慢慢成長的過程中形成性對穩定的微生物菌落平衡。腸道微生物菌落與宿主健康狀況的關係十分密切。大多數情況下，微生物菌落與疾病維持著一個簡單的關聯，但目前還不清楚微生物群的變化是否會精確地引起疾病或者隻是簡單地反映某種疾病的狀態。進一步說，還不清楚微生物平衡是如何或者為什麽會朝著菌群失調這種非健康的方向變化。目前的研究認為有三個因素可能會對人體腸道微生物群落產生影響：1、抗菌藥的使用。抗菌藥物的使用有可能大量殺死某一類型的微生物，從未破壞人體微生物群落。2、飲食。人們的日常飲食會影響人體內微生物的組成，而且食物中的一些化學製劑或者與某些化學製劑具有類似功能的成分都有可能影響體內的微生物菌落。3、心理壓力。心理壓力也會改變人體內的微生物群落狀況，可能引起一些微生物的增加，同時也會降低某些微生物的數量。
人體腸道微生物菌落異常與自身免疫疾病、肥胖、糖尿病、自閉症神經係統疾病等很多疾病或健康問題相關。自身免疫疾病是一類非常特殊的疾病，目前沒有非常有效的治療手段。武漢中幟生物科技有限公司開發出了5種針對自身免疫疾病的診斷試劑，包括使用抗核抗體譜-16測定試劑盒（斑點免疫法）、抗核抗體篩查試劑盒（酶聯免疫法）、抗雙鏈DNA抗體測定試劑盒（酶聯免疫法）、抗SSA抗體測定試劑盒（酶聯免疫法）以及抗SmD1抗體測定試劑盒（酶聯免疫法）。中幟生物的自身免疫診斷試劑產品具有更簡單、更可靠、更全麵的優點。特別是抗核抗體譜-16測定試劑盒首次在同類產品中使用斑點免疫法，可以同時檢測16種常見自身免疫性疾病抗核抗體。在產品的印跡膜上預染坐標點，輔助快速識別抗原點；獨特的雙重檢測點使結果更準確可靠；產品擁有專利，由美國技術開發，高效可靠。同時，武漢中幟生物科技研發的研發人員正在開發多種基於PCR技術檢測病原體的產品，在短期內可以與用戶見麵。這些產品將會幫助醫生更加快速、準確的判斷患者體內致病性病原體的種類，將會大大提高用藥針對性，有助於患者快速康複。
既然人體微生物確實與很多疾病相關，很多研究者也希望開發出一些新的治療方案來解決這些疾病。一些實驗員已經嚐試使用益生菌和益生素來治療人體微生物群落相關的疾病。隨著基因組測序等技術的發展，研究人員可以更方便地獲得更多有關微生物群落的信息，包括微生物菌落的基因組等。這些技術大大推動了人體微生物群落領域的發展，但仍然還有很多問題亟待人們去解決。
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