細菌的分類等級（分類單位）和其他生物相同，為界、門、綱、目、科、屬、種。臨床細菌檢驗常用的分類單位是科、屬、種。種是細菌分類的基本單位。形態學和生理學性狀相同的細菌群體構成一個菌種；性狀相近、關係密切的若幹菌種組成屬；相近的屬歸為科，依次類推。在兩個相鄰等級之間可添加次要的分類單位，如亞門、亞綱、亞屬、亞種等。
同一菌種不同來源的細菌稱該菌的不同菌株。它們的性狀可以完全相同，也可以有某些差異。具有該種細菌典型特征的菌株稱為該菌的標準菌株，在細菌的分類、鑒定和命名時都以標準菌株為依據，標準菌株也可作為質量控製的標準。
（二）細菌的命名
國際上一個細菌種的科學命名采用拉丁文雙命名法，由兩個拉丁字組成，前一字為屬名，用名詞，首字母大寫；後一字為種名，用形容詞，首字母小寫，印刷時用斜體字。中文譯名則是以種名放在前麵，屬名放在後麵。例如：Mycobacteriumtuberculosis（結核分枝杆菌），Salmonellatyphi（傷寒沙門菌）等。有時某些常見的細菌也可用習慣通用的俗名，如Tuberclebacillus（結核杆菌）、Typhoidbacillus（傷寒杆菌）等醫|學教育網搜集整理。
（三）細菌的分類係統
細菌分類係統有多種，為了便於文獻資料的相互比較、分析和交流，目前國際上普遍采用伯傑分類係統。也有采用CDC（美國疾病預防和控製中心）分類係統。包括有細菌的鑒定以及細菌分類資料。目前以細菌細胞壁的結構特點作最高一級分類依據，將原核生物界分為4個菌門；薄壁菌門、堅壁菌門、軟壁菌門和疵壁菌門。
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