當然，微生物聚集最多的地方還是土壤，那裏為微生物生長提供了所需要的各種基本要素，而且還具有保溫性能好、緩衝性強等優點，因此，土壤是微生物的大本營，是人類最豐富的菌種資源庫。土壤中尤以細菌最多，約占土壤微生物總量的70-90%.土壤中不同類型的細菌有不同的作用。有的能夠固定空氣中的氮元素，合成細胞中的蛋白質；有的能夠分解農作物的秸杆，它們大多是異養菌。除了細菌以外，土壤中數量較多的其它微生物是放線菌（抗生素的主要產生菌）和真菌，而藻類和原生動物等較少。土壤微生物是構成土壤肥力的重要因素。
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