根據微生物營養類型的不同，產能方式也不同。有的靠光能，有的靠化學能，而且因營養物是有機物或無機物而不同。化能異養微生物的產能途徑包括發酵和呼吸，呼吸又分有氧呼吸和無氧呼吸兩種類型。
“發酵”這個詞我們經常聽見，工業上常說的發酵是指利用微生物生產有用代謝產物的一種生產方式，例如味精發酵、有機酸發酵、酒精發酵、氨基酸發酵等等。此處所說的發酵是指在沒有氧氣參與的（即厭氧）條件下，通過一係列的電子傳遞（即化學上的氧化還原反應）分解有機物的產能過程。該種過程是在微生物的細胞質中進行的。現以葡萄糖的分解產能為例。在發酵過程中，由於葡萄糖分解是在沒有氧氣的條件下進行的，氧化不能徹底進行到產生二氧化碳和水，大部分能量仍然留在發酵產物中，故產能效率低，並產生多種發酵產物，例如乙醇、乳酸、丁酸、琥珀酸和丙酮酸等。
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