在陰濕的土壤、潮濕的朽木、腐爛的植物和堆肥上，還生活著另一些微生物，叫做粘菌。它們是一類營養方式和生活史近似於原生動物，但又近似於真菌的真核微生物，也有人稱之為粘菌蟲（mycetozoa）。在粘菌的生活史中，有一階段能形成一塊有許多細胞核的象變形蟲狀的原生質團，這種原生質團能自由生活、外包有無定形的膠質鞘、無細胞壁、內不含葉綠素。它們借助於偽足伸縮來行動，營養方式為吞咽式或吸收式。原生質團生長到某一階段，在一定的環境條件下，可轉變成為顏色豔麗的子實體並產生孢子。發網菌就是粘菌中的一種。
水環境包括江、河、湖泊等淡水環境以及海洋等鹹水環境。水中溶解或懸浮著多種無機或有機物質，可供給微生物生長繁殖所需要的營養。因此，水環境是微生物棲息的第二天然場所。城市的生活汙水以及工業廢水，有機物含量高，種類複雜，其中的微生物多數為腐生型細菌和原生動物，能夠在天然水體的自淨和汙水處理中發揮作用。海水中的微生物多為嗜鹽菌，有些細菌能發光，對一些化學藥劑與毒物敏感，可用於環境汙染物的監測。
空氣雖然不是微生物生長繁殖的良好場所，但土壤、水體、各種腐爛的有機物以及人和動物、植物體上的微生物，都可隨著氣流的運動被攜帶到空氣中去。空氣中的微生物分布很不均勻，人口稠密地區上空的微生物數量較多。空氣中的微生物主要有各種球菌、芽孢杆菌、產色素細菌以及對幹燥和射線有抵抗力的真菌孢子。在人口稠密、汙染嚴重的城市，尤其是在醫院或患者的居室附近，空氣中還可能有較多的病原菌。空氣中的微生物與動植物病害的傳播、發酵工業的汙染以及工農業產品的黴腐變質有很大關係。
各種農產品經常會受到微生物的危害，主要是黴菌，有些黃曲黴產生的黃曲黴毒素對人、畜危害極大，而且有致癌作用。許多食品、工業產品也經常受到黴腐微生物的侵蝕和破壞，因此，黴腐微生物的防治一直是工業、農業及食品衛生行業工作的重點之一。
人體及動物體上的微生物，在正常情況下，是有益無害的正常菌群。但當機體防禦機能減弱時，也會成為病原微生物。
此外，在植物的體表或體內，還會有一些病原微生物存在，例如使植物發生病害的各種細菌、真菌和病毒等。
上一篇：人工免疫簡介
下一篇：嗜冷微生物簡介
