當胞外菌突破人體的皮膚和粘膜第一道防線後，在組織中首先遇到據守第二道防線的中性粒細胞對它們吞噬。若病菌毒力不強、數量不多，則會被消滅，不會形成感染。組織中的補體等體液因素對病菌也有一定作用，但作用不如吞噬細胞。如果第二道防線不夠堅固，不能完全阻擋病菌，則由病菌誘發的第三道防線，即獲得性免疫防禦功能投入戰鬥。對付胞外菌，主要是特異性體液免疫防禦功能。抗體是體液免疫的產物，它們具有多種功能。IgG類抗體有調理病菌減小其毒力，促進和加強中性粒細胞對病菌的吞噬、殺滅作用；IgM、IgG類抗體與病菌結合後，可以激活補體係統，產生攻膜複合體，有殺死或溶解病菌作用；分泌型IgA類抗體存在於腸道、呼吸道等粘膜表麵，可以阻止病菌在這些部位的停留定殖，有預防作用；分泌型IgA類抗體也可在初乳中出現，所以也有將母體的免疫力傳遞給嬰兒的作用；抗毒素是針對細菌外毒素的抗體，這種抗體具有中和外毒素的作用。
參與胞外菌特異性細胞免疫的T細胞主要是CD4- Th2細胞。它們除協同B細胞產生抗體外，尚能產生一些細胞因子，引起局部炎症，促進巨噬細胞吞噬和殺傷作用，指引和活化中性粒細胞等。胞外菌侵入人體後，要通過上述人體的三道防線，受到先天的和後天獲得的兩種免疫係統的防禦，大多數不形成感染，或形成後最終消失，患者康複；但有些胞外菌可以通過不同機製來逃避機體的防禦功能。例如肺炎鏈球菌等在胞壁外形成抗吞噬的莢膜；淋病奈瑟氏菌的菌毛不斷發生突變，使原有的抗菌毛抗體無效；流感嗜血杆菌等產生IgA蛋白酶，降解宿主粘膜表麵的分泌型IgA抗體；福氏誌賀氏菌能誘導巨噬細胞凋亡等，應引起人們的重視。
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