一般自然情況下，進入宿主體內的病原菌是不多的。如果它們不能迅速繁殖成很大的數量，要想侵犯我們人體這個跟細菌相比的龐然大物是不可思議的。當病原菌侵入機體後，是否能致病，首先要看該菌能否在侵入的部位繁殖，而不同部位的條件是千差萬別的。例如破傷風梭菌芽胞隨塵土等進入了普通淺表部傷口，由於這種細菌是厭氧菌，而淺表部位不是厭氧微環境，芽胞不能出芽和繁殖，就不會引發破傷風病。奇異變形杆菌易在腎髒內生長，是因為這種細菌能產生尿素酶，可以分解利用尿液中的尿素作為生長的養料。能生動說明宿主不同器官對病原菌敏感性不同的例子是流產布魯氏菌。這種細菌容易引起牛的傳染性流產，和牲口接觸較多的人也會因為傳染了這種細菌而患病。當牛因為感染細菌而發生流產時，連接胚胎與子宮的母牛胎盤是流產布魯氏菌唯一存在的地方，而母牛和子牛身體都未發現這種病原菌。20世紀60年代，科學家發現流產布魯氏菌的正常生長需要大量的維生素和其它微量物質，其中一種是與蔗糖類似的物質赤蘚醇。赤蘚醇在動物組織中含量甚微，但在胎盤中含量很高。因而，流產布魯氏菌便在胎盤而不是其它部位繁衍滋生。用給實驗動物注射赤蘚醇的方法可以誘導出全身性布魯氏菌病，證實了科學家的推斷。這說明，微生物之所以在特定的部位生長並引發疾病，是因為這些部位有它們需要的養分或者沒有它們不喜歡的某些物質。而氣性壞疽則是由於某個部位缺少它不喜歡的物質而大量繁殖的例子。引起壞疽的梭狀芽孢杆菌在汙染的水源及土壤中廣泛存在，但由於它們害怕氧氣，在有氧的條件下不能生長，所以一般是不可怕的。然而，它產生的孢子在空氣中能長期存活。當梭狀芽孢杆菌的孢子恰好進入傷口，引起受傷組織發炎腫脹時，組織的小血管受擠壓而產生供血不良，造成傷口供氧不足，當傷口較深時，則缺氧更加嚴重。這些細菌會產生了一種對人體劇毒的物質引起嚴重的後果。
當然，不同病原菌引起疾病的數量有很大差異，傷寒沙門氏菌和霍亂弧菌處處存在，但一個身體健康的人接觸少量並不容易發病，因為需要一次侵入數十億至數百億個細菌才會引發症狀；而鼠疫杆菌隻要7個細胞就能使某些宿主患上可怕的鼠疫。
當病原菌通過原始入侵部位直接向周圍擴散時，必定會受到機體結締組織等膠樣物質的阻擋。但是有些細菌，例如A群鏈球菌會產生能分解結締組織基質中的透明質酸的酶—透明質酸酶，這就使它們得以在皮下組織中迅速擴散，造成蜂窩組織炎等病變。因此，透明質酸酶又稱擴散因子。鏈球菌還能產生鏈激酶（溶纖維蛋白酶）和鏈道酶（DNA酶），它們分別能降解炎症反應中能起“包圍”病菌作用的纖維蛋白，也能降解白細胞死亡後釋放出來的粘稠的細胞核DNA，這些酶均有利於病菌在機體內的擴散。
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