治療方案的選擇原則是：①采用聯合用藥方法；②hp的根除率＞80%，最好在90％以上；③無明顯副作用，病人耐受性好；④病人經濟上可承受性。判斷hp感染的治療效果應根據hp的根除率，而不是清除率。根除是指治療終止後至少在一個月後，通過細菌學、病理組織學或同位素示蹤方法證實無細菌生長。
目前國內外常用的抗hp藥物有羥氨苄青黴素、甲硝唑、克拉黴素、四環素、強力黴素、呋喃唑酮、有機膠態鉍劑（de-nol等）、胃得樂（胃速樂）、樂得胃、西皮氏粉和胃舒平等。潰瘍病患者尚可適當結合應用質子泵抑製劑或h2受體拮抗劑加上兩種抗菌素，或者質子泵抑製劑（如奧美拉唑）加上一種抗菌素。療程一般為兩個星期。由於治療hp感染抗菌方案的廣泛應用，有可能擴大耐藥性問題的產生。因此，將來替換性的治療或預防策略，如疫苗預防或免疫治療的研究是值得重視的。
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