Hp對臨床微生物實驗中常用於鑒定腸道細菌的大多數經典生化實驗不起反應。而氧化酶、觸酶、尿素酶、堿性磷酸酶、r－穀氨酰轉肽酶、亮氨酸肽酶這七種酶反應是作為Hp生化鑒定的依據。
Hp的全基因序列已經測出，其中尿素酶基因有四個開放性讀框，分別是UreA、UreB、UreC 和UreD.UreA和UreB編碼的多肽與尿素酶結構的兩個亞單位結構相當。Hp的尿素酶極為豐富，約含菌體蛋白的15%，活性相當於變形杆菌的400倍。尿素酶催化尿素水解形成氨雲保護細菌在高酸環境下生存。此外，尚有VacA基因和CagA基因，分別編碼空泡毒素和細胞毒素相關蛋白。根據這兩種基因的表達情況，又將Hp菌株分成兩種主要類型：Ⅰ型含有CagA和VacA基因並表達兩種蛋白，Ⅱ型不含CagA基因，不表達兩種蛋白，尚有一些為中間表達型，即表達其中一種毒力因子。現在多認為Ⅰ型與胃疾病關係較為密切。
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