（一）直接鏡檢
1.初步診斷；
2.指導進一步檢出步驟和鑒定方法的選擇；
3.評價標本的質量。
（二）快速診斷
快速檢測病原體成分主要是指特異性抗原和核酸檢測。
特異性抗原檢測包括免疫熒光技術、膠乳凝集試驗、酶免疫技術、對流免疫電泳、化學發光免疫測定等。（免疫學檢驗技術）
核酸檢測包括核酸探針雜交、PCR技術。（分子生物學檢驗技術）
其他快速檢測法還有氣-液相色譜法、化學發光、生物發光測定法和基因或蛋白微型陣列芯片技術等。
（三）直接藥敏試驗
鑒定結果快，但結果不明確，故分離出純培養物後應再作體外藥物敏感試驗。
（四）常規檢驗
1.分離培養：
通常由正常無菌部位采取的標本接種血平板，置於空氣或含5％～10％CO2的氣缸中培養，大部分細菌可於24～48h生長良好。若原始培養為陰性，但據鏡檢結果和臨床信息提示可能有病原菌存在，則應再采集大量標本，離心濃縮或溶解離心法處理，取沉澱接種營養豐富的需氧或厭氧培養基來培養。
對於存在正常菌群部位采集的標本，分離時應采用選擇培養基以利於病原菌生長，也可加某些抗生素抑製汙染菌的生長。對於某些感染標本中發現的細菌，如尿路感染的尿液中檢出大腸埃希菌，可能是病原菌，也可能是汙染菌或正常菌群，其臨床意義的確定有賴於定量培養法。
2.鑒定：分離出的細菌一般應經過細菌形態、菌落特點、生化反應、血清學試驗、動物接種等鑒定。目前尚有某些微量鑒定係統，其鑒定快速、簡便，值得推廣。如用於鑒定腸杆菌科的20E，鑒定非發酵菌的20NE及鑒定厭氧菌的20A等。
3.體外純菌藥物敏感性試驗：常用方法包括抑菌試驗、殺菌試驗、聯合藥敏試驗和檢測細菌產生的抗生素滅活酶等。
（五）報告
①直接鏡檢要求2h報告，說明標本是否合格，發現微生物情況和特點；
②初步鑒定和直接藥敏結果於24h或次晨報告，報告可能的病原菌和直接藥敏結果；
③最後鑒定和細菌藥敏結果一般不超過3天，還規定除血培養外，所有送檢標本必須在24h內預報。
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