（一）免疫檢測技術
微生物學中常用的免疫檢測技術包括凝集反應、沉澱反應、補體結合試驗、免疫熒光技術、酶免疫測定及皮膚反應等。
（二）發光分析技術
發光分析技術是依賴酶或化學反應釋放能量引起發光物質（如魯米諾、熒光素等）發光的檢測方法。具有操作簡便、快速、敏感度高、無汙染特點。根據發光原理，主要分為生物及化學發光兩種方法。
（三）鱟試驗（檢測內毒素）
鱟變形細胞溶解物試驗簡稱鱟試驗。其基本原理是內毒素在堿性金屬離子存在下激活鱟試劑中凝固酶原轉變為凝固酶，凝固酶使存在於鱟試劑中的凝固蛋白原生成凝固蛋白，產生凝膠。凝膠的形成速度及其堅固程度與內毒素濃度有關。鱟試驗陽性表明有革蘭染色陰性菌或內毒素血症，也可用於生物製品或注射液的內毒素汙染檢測。
（四）分子生物學在病原微生物中的應用
對生物體的基因組DNA片段及其轉錄產物進行定性和定量分析，進而對人體狀態和疾病作出診斷。基因診斷技術可克服病原微生物的傳統檢測方法靈敏度低、特異性低及速度慢等不足之處，並可用於流行病學的大量現場篩查工作。
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