1.β內酰胺類抗生素的耐藥基因
青黴素結合蛋白（PBP）基因 耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是由mec A基因介導的耐藥，肺炎鏈球菌對青黴素耐藥是由於PBP基因突變而致。
革蘭陰性菌產生的β內酰胺酶 由質粒介導的β內酰胺酶種類繁多，可以用PCR或基因探針的方法檢測和分類，如TEM、SHV、OXA、ROB型等。
2.糖肽類抗生素耐藥基因 腸球菌對糖肽類抗生素的耐藥基因由Van A、Van B、Van C等介導，測定這些基因可以預測對萬古黴素和壁黴素的耐藥性。
3.大環內酯類抗生素耐藥基因 紅黴素甲基酶erm基因、大環內酯類泵出基因mef A、mef E、msr A等基因參與了紅黴素的耐藥。
4.喹喏酮類抗生素耐藥基因 喹喏酮類抗生素的主要耐藥機製是由於螺旋酶和拓撲酶的突變，常與gyr和par基因突變有關。
5.分枝杆菌耐藥基因 對利福平的耐藥與rpoB變異有關，對異煙肼的耐藥與kat G和inh A有關。
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