因為在接近中性的環境中細菌都帶有負電荷，易與帶正電荷的堿性染料結合，故常用堿性苯胺染料如美藍、結晶紫、堿性複紅等染色細菌。
常用染料
1.堿性染料：電離後顯色離子帶正電荷，易與帶負電荷的被染物結合。由於細菌的等電點在pH2～5之間，在堿性、中性、弱酸性的環境中細菌均帶負電荷，易與帶正電荷的染料結合而著色。常用的染料有堿性複紅、結晶紫、美藍等。
2.酸性染料：電離後顯色離子帶負電荷，易與帶正電荷的被染物結合。一般情況下細菌都帶有負電荷故不易著色。如果降低菌液的pH使細菌帶正電荷，則可被染色。酸性染料通常用來染細胞漿，而很少用於細菌的染色。常用的酸性染料有伊紅、剛果紅等。
3.複合染料（中性染料）及熒光染料：複合染料是堿性染料和酸性染料的複合物，如瑞氏染料（伊紅美藍）、姬姆薩染料（伊紅天青）等；熒光染料如熒光標記的抗體，熒光素常用異硫氫基熒光素。這些染色常用於某些特殊的染色技術中。
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