| 內毒素 | 外毒素 | |
| 來源 | 革蘭陰性菌 | 革蘭陽性菌及少數革蘭陰性菌 |
| 產生方式 | 細菌崩解後釋放 | 合成分泌到菌體外的 |
| 化學成分 | 脂多糖（LPS） | 蛋白質 |
| 穩定性 | 較穩定，耐熱 | 不穩定，易被熱、酸和消化酶滅活 |
| 毒性作用 | 弱，對組織無選擇性，各種內毒素毒性作用相似 | 強，對組織細胞有高度選擇性，並能引起特殊的病變和症狀醫學.教育網.整理 |
| 抗原性 | 弱，刺激機體產生抗體作用弱，甲醛處理不能成為類毒素 | 強，可刺激機體產生抗毒素，經0.3%～0.4%甲醛液作用成類毒素 |
（1）外毒素是細菌生長繁殖過程中合成並分泌到菌體外的毒性物質。外毒素主要由革蘭陽性菌產生，但少數革蘭陰性菌也能產生。外毒素的毒性較強，大多為多肽，不同細菌產生的外毒素，對組織細胞有高度選擇性，並能引起特殊的病變和症狀。外毒素的化學性質為蛋白質，不耐熱、易被熱（56℃～60℃，20min～2h）破壞，性質不穩定，易被酸和消化酶滅活。外毒素具有特異的組織親和性，選擇性作用於靶組織，而引起特異性的症狀和體征。外毒素具有良好的抗原性，在0.3％～0.4％甲醛液作用下，經過一定時間可使其脫毒，而仍保留外毒素的免疫原性，稱類毒素。類毒素可刺激機體產生具有中和外毒素作用的抗毒素。
（2）內毒素是許多革蘭陰性菌的細胞壁結構成分（脂多糖），隻有當細菌死亡、破裂、菌體自溶，或用人工方法裂解細菌才釋放出來。
各種細菌內毒素成分基本相同，是由脂質A、非特異核心多糖和菌體特異性多糖（O特異性多糖）三部分組成。脂質A是內毒素的主要毒性成分醫學.教育網收.集整理。
內毒素的性質穩定、耐熱，需加熱160℃經2～4h，或用強酸、強堿或強氧化劑加溫煮沸30min才滅活。內毒素抗原性弱，不能用甲醛脫毒製成類毒素。內毒素LPS能刺激巨噬細胞、血管內皮細胞等產生IL-1、IL-6、TNF-α等。少量內毒素誘生這些細胞因子，可致發熱、微血管擴張、炎症反應等免疫保護性應答，若內毒素大量釋放常導致高熱、低血壓休克、彌散性血管內凝血。由於所有革蘭陰性菌細胞壁脂多糖結構成分基本相同，故引起的毒性作用大致類同。
內毒素的毒性作用較弱，對組織細胞無嚴格的選擇性毒害作用，引起的病理變化和臨床症狀大致相同，其主要生物學活性如下：①致熱作用；②白細胞增多；③感染性休克；④彌漫性血管內凝血（DIC）。
（3）其他毒性蛋白和酶：某些細菌產生溶血素能使血平板上菌落周圍出現溶血環，如鏈球菌溶血素S，大腸埃希菌產生的α溶血素、β溶血素，葡萄球菌和鏈球菌等產生的殺白細胞素，能損傷和破壞中性粒細胞，導致感染中白細胞數量減少。
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