微生物專用酶快速反應是根據細菌在其生長繁殖過程中可合成和釋放某些特異性的酶，按酶的特性，選用相應的底物和指示劑，將他們配製在相關的培養基中。根據細菌反應後出現的明顯的顏色變化，確定待分離的可疑菌株，反應的測定結果有助於細菌的快速診斷。這種技術將傳統的細菌分離與生化反應有機的結合起來，並使得檢測結果直觀，正成為今後微生物檢測發展的一個主要發展方向。
利用細菌中某些具有特征性的酶，應用適當的底物可迅速完成細菌鑒定。如沙門氏菌具有辛酸酯酶，以4MU-辛酸酯為底物，經沙門氏菌酶解，在紫外燈下觀察遊離4MU的熒光。卡他莫拉菌具有丁酸酯酶，可用丁酸配色原底物快速鑒定等Delise等新合成一種羥基吲哚-β-D葡萄糖甘酸(IBDG)，在β-D葡萄糖苷酶的作用下，生成不溶性的藍，將一定量的IBDG加入到麥康凱培養基瓊脂中製成MAC-IBDG平板，35℃培養18h，出現深藍色菌落者為大腸埃希氏陽性菌株。其色彩獨特，且靛藍不易擴散，易與乳糖發酵菌株區別。王金良教授等應用β-萘酚辛酯酶為底物，經沙門氏菌酶解，釋出β-萘酚與固蘭作用出現紫色，反應在紙片上進行，隻需5min即可完成沙門氏菌的鑒定。這對食品與環境衛生檢驗有重要價值。運用大腸菌群特有的β-D-半乳糖苷酶係統，能分解4-甲基傘形酮-β- D-半乳糖苷（MUG）為葡萄糖苷和甲基傘形酮,其可在長波UV光下（366nm）產生熒光。以此作為確認是否有大腸菌群和大腸艾希氏菌存在的依據。還可用於大腸菌群和大腸埃希氏菌計數。
氧化物酶法,最近研究表明，一種專利名稱為氧化物酶物質，能刺激食品中存在的主要兼性厭氧病原菌的生長，在有氧的條件下，這種酶可將氧氣轉化為H2O，減少了培養基中氧的密度，造成厭氧條件，有助於兼性厭氧微生物的生長。在培養劑中，這種酶僅含0．1單位／mL就會大大刺激單核細胞增生李斯特菌、大腸埃希氏菌、鼠傷寒沙門氏菌、腐敗鏈球菌和普通變形菌的生長，在這種酶的存在下，35℃-42℃培養5-8h，細菌數比常規培養法多l-2個對數單位。這種酶的實際應用，在於可使食品中的主要病原微生物，受到這種酶的作用，幾小時可以長到較高的菌數(16 CFU ／mL)，經培養後，就能用現代化的檢測方法(例如DNA探針技術和聚合酶連鎖反應技術)進行快速檢測，因而可以加快對病原菌的檢測速度。
