沙門菌是重要的腸道病原菌，在世界各地引起食源性疾病的沙門菌的血清型很多，一般以鼠傷寒、腸炎沙門菌為主。
流行病學調查分型技術：
血清分型試驗：從患者糞便或肛拭、發病初期血液中獲得的菌株與其它各類標 本中獲得的菌株分別與沙門氏菌標準診斷血清進行血清分型試驗，應屬於同一血清型。
雙份血清定量凝集試驗：將獲得的菌株作成菌液分別與患者發病初期與恢複期的血清做試管定量凝集試驗，凝集價在1：40以上有診斷意義。恢複期的血清凝集價應是發病初期的4倍以上的升高。
沙門菌脈衝場電泳（PEGE）分子分型：用脈衝場電泳分子分型技術可很好地解釋爆發流行菌株的來源和流向。Xbal-PFGE分型數據顯示對不同來源的（牛、雞、豬等）菌株的追蹤調查具有很強的區分能力。
沙門菌擴增片斷長度多態性（AFLP）分型：Peters等（2001）使用單酶AFLP技術對腸道沙門菌的14個血清型的30株菌進行分型，結果顯示該技術比其他DNA分型方法快，重複性好，區分能力強。Reche等（2003）對16株哈瓦那沙門菌進行AFLP、抗生素易試驗、核糖體分型和PFLP、抗生素易感試驗、核糖體分型和PFGE分型比較結果，所有與疾病爆發有關的菌株有相同的核糖體型、脈衝型和AFLP型，證實AFLP是很有效的流行病學分析技術。
除上述分型技術外，沙門菌分型還包括的限製片斷長度多態性（RFLP）分型、隨機擴增多態DNA（RAPD）分型和核糖體分型技術等。
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