引起食源性疾病的病毒主要有甲型病毒性肝炎、戊型病毒性肝炎、輪狀病毒腹瀉、諾瓦克樣病毒胃腸炎和朊病毒病等。
1 甲型病毒性肝炎
甲型病毒性肝炎是由甲型肝炎病毒HAV通過糞-口途徑傳播的急性傳染病，呈世界性分布，發病率高，傳染性強。在不發達國家， HAV的感染率高，常常發生甲肝的暴發流行。HAV是直徑27-32nm的20麵體立體對稱的圓球顆粒，無囊膜。HAV的核酸為單股正鏈RNA，有感染性。HAV病毒是一種獨特的小核糖核酸病毒，遺傳學性質穩定，有7個基因型，隻有1個血清型。
2 戊型病毒性肝炎
戊肝即戊型病毒性肝炎是一種嚴重的新發胃腸道傳染病，在發展中國家有暴發流行，發達國家主要由旅遊途徑輸入。本病流行絕大多數是水型流行，有明顯的季節性。HEV為正20麵體，無包膜的球形顆粒，形態學上分類屬杯狀病毒。HAV基因組為單股正鏈RNA，約7.6Kb。
3 輪狀病毒
輪狀病毒是引起嬰兒非細菌性腹瀉的主要病原。該病毒屬呼吸病毒科，病毒顆粒直徑68-70mm，分11個片段雙股RNA。將輪狀病毒分為A、B、C、D、E、F、G組。與人有關的為A、B、C組。在同一組又將病毒分為不同的血清型。現在已發現有7組不同的血清型，與人類腹瀉有關的血清型主要屬於輪狀病毒A、B、C組。A組輪狀病毒是幼兒嚴重水樣腹瀉的主要原因。B組輪狀病毒是引起成人腹瀉的主要原因。C組輪狀病毒則是主要引起世界各地散發的兒童腹瀉。
4 諾瓦克樣病毒胃腸炎
諾瓦克病毒（NV）和諾瓦克樣病毒（NLV）是一組世界範圍內引起的急性無菌 性胃腸炎的重要病原，它們有許多共同特征：①直徑26～35nm的小圓結構病毒，無包膜；②分離自急性胃腸炎病人的糞便；③不能在細胞或組織中培養；④基因組為單股正鏈RNA；⑤在Cscl密度梯度中的浮力密度為（1.36～1.41）g/cm3；⑥電鏡下缺乏顯著的形態學特征。此病毒的主要經糞-口傳播，生吃貝類食物是導致諾瓦克樣病毒胃腸炎暴發流行的最常見原因。
5 朊病毒病
朊病毒病即海綿狀腦病是由朊病毒（Prion）引起的人和動物中樞神經係統病 變性致死疾病。瘋牛病（BCD）是最著名的朊病菌毒病。除了上述朊病毒外，人患的還有克-雅氏病（CID）、新型克-雅氏病（v CID）、致死性家族性失眠症（FFI）、格-斯綜合征（GSS）和庫魯病（Kuru）等，動物性的朊病毒病還包括羊瘙癢病（Scrapie）、鹿和麋的慢性消瘦病（CWD）、傳染性水貂腦病TME和貓海綿狀腦病（FSE）。朊病毒是美國科學家Prusiner提出的超出經典病毒學的概念，是不被大多數修飾核酸的方法滅活的蛋白傳染性顆粒，稱為抗蛋白酶蛋白PrP。PrP可分為正常型（PrPC）和致病型（PrPSC）。編碼PrP基因存在於正常哺乳動物基因組內，編碼33-35KD的神經元細胞表麵糖蛋白，是一種蛋白酶敏感的可溶性蛋白質，二級結構中α-螺旋占40%，β-折疊占30%，半衰期短。PrPSC是PrPC的構象異構體，是抗蛋白酶的不溶性蛋白，存在於細胞內。其二級結構與PrPSC有顯著差異，α-螺旋38%，而β-折疊高達43%，半衰期較長。這導致PrPSC與PrPC理化性質完全不同。PrPSC高度熱穩定，紫外線離子輻射及羥胺均不能喪失其侵染能力。人朊病毒除了遺傳性、醫源性、散發性外，還有食源性。Kuru病就是由於吃了Kuru病死者的腦組織而傳染的。許多研究認為，vDJD是由於瘋牛病病毒傳染給人引起的，主要是由於人吃了瘋牛的肉、內髒、腦等而傳播的，也有關於人吃食癢病因子汙染的肉或腦，經口感染DJD的報道。在朊病毒的繁殖過程中還存在株係的特異性，表現在潛伏期長短不同、腦中受到損傷的部位不同和PrPSC的蛋白酶K酶點不同形成不同分子量的蛋白幾方麵，這些特征即使是連續傳代仍然保持。研究結果表明PrPSC的構象是指導新生PrPSC合成的模板，也就是說朊病毒繁殖的信息是儲存致病蛋白的構象中，不同的株係代表不同的蛋白構象。
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