強化微生物處理技術是從改變工藝中單位反應器空間內微生物的質量或數量的角度來增強MSW的降解率，從而提高處理效率，縮短處理周期。
1、純種分離
自然界中的微生物總是雜居在一起，即使一粒土或一滴水中也生存著多種微生物。為了提高工藝中某種有效微生物的質量（純度），提高處理效率，必須進行微生物的純種分離技術。常見的純種微生物的分離方法有平板劃線分離、液體稀釋法分離、利用選擇培養基進行分離以及菌絲尖端切割分離。
（1） 平板劃線分離
將已經熔化的培養基倒入培養皿中製成平板，用接種環沾取少量待分離的材料，在培養基表麵平行或分區劃線，然後，將培養皿放入恒溫箱裏培養。在線的開始部分，微生物往往連在一起生長，隨著線的延伸，菌數逐漸減少，最後可能形成純種的單個菌落。
（2） 液體稀釋法
將待分離的樣品經過大量稀釋後，取稀釋液均勻地塗布在培養皿中的培養基表麵，培養後就可能得到單個菌落。
（3） 利用選擇培養基進行分離
不同的微生物對不同的試劑、染料、抗生素等具有不同的抵抗能力，利用這些特點可配製出適合某種微生物生長而限製其他微生物生長的選擇培養基。用這種培養基來培養微生物就可以達到純種分離的目的。
（4） 菌絲尖端切割
這種方法適於絲狀真菌。用無菌的解剖刀切取位於菌落邊緣的菌絲的尖端，將它們移到合適的培養基上培養後，就能得到新菌落。
2、強化接種處理技術
純種分離後還要將微生物接種到垃圾中進行生物處理，但由於接種微生物的生存環境發生了變化，故在微生物適應周圍環境前，處理效率達不到理想的效果，因而直接在垃圾中進行微生物接種的處理效果則應好於微生物純種分離後再接種的處理效果。直接在垃圾中進行微生物接種可采用多種方式，如：垃圾滲濾液循環、加入一定比例的垃圾腐熟物等。
微生物對垃圾的降解是在多種微生物的協同作用下完成，在適宜的條件下，微生物協同作用能力的大小取決於微生物種群的大小與結構的穩定性。一般說來，生物的種群越大，其自動調控能力越好，適應性就越強，結構越穩定。經垃圾滲濾液循環或向待處理的新鮮垃圾中加入一定比例的垃圾腐熟物進行強化接種培養後，微生物的種群擴大，且循環次數越多，微生物的數量和種群就越大，這樣就會更有利於對垃圾的降解。
3、添加微生物菌劑
研究表明,單一的細菌、真菌、放線菌群體,無論其活性多高,在加快垃圾生物降解進程中的作用都比不上複合微生物菌群的共同作用。微生物菌劑是采用分離、篩選的有效微生物，配合一定的處理工藝和設備，通過合理地調配各種有效微生物的含量，進行篩選、培育MSW生物處理的高效複合微生物菌劑，進而來調節菌群結構、提高微生物降解活性，提高微生物降解有機成分的效率。複合微生物菌群中既有分解性細菌，又有合成性細菌；既有纖維素分解菌、真菌，又有放線菌。向工藝中添加複合微生物菌劑，不僅增加了工藝中微生物初始濃度，而且改善了工藝中微生物的種群結構。作為多種細菌共存的一種生物群落，依靠相互間共生增殖及協同作用，代謝出抗氧化物質，生成穩定而複雜的生態係統，使得整個生物降解過程中微生物數量保持相對穩定，處理效果較佳。
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