天然耐藥性，又稱原發性耐藥性，遺傳性耐藥性,內源性耐藥性,它決定抗菌譜。如全部腸杆菌科細菌對大環內酯類、克林黴素、利萘唑酮、奎奴普丁和莫匹羅星；鮑曼不動杆菌對氨苄西林、阿莫西林和第一代頭孢菌素；銅綠假單胞菌對氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林/克拉維酸、第一、二代頭孢菌素、頭孢噻肟、頭孢曲鬆、萘啶酸和甲氧嘧啶；肺炎鏈球菌對甲氧嘧啶和氨基糖苷類；嗜麥芽窄食單孢菌對亞胺培南；沙雷菌屬對氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林/克 拉維酸、第一代頭孢菌素、頭孢呋辛和多黏菌素E均屬天然耐藥。天然耐藥性是某種細菌固有的特點，其原因可能是此類細菌具有天然屏障，藥物無法進入細菌體內或由於細菌缺少對藥物敏感的靶位所至。
獲得性耐藥性是在微生物接觸抗菌藥物後,由於遺傳基因的變化、生存代謝途徑的改變而產生的耐藥性。獲得性耐藥性可分為相對耐藥性(又稱中間耐藥性)和絕對耐藥性(又稱高度耐藥性),前者 是在一定時間內MIC逐漸升高,後者即使高濃度也沒有抗菌活性,如耐慶大黴素的銅綠假單胞菌。
獲得性耐藥性又有社會獲得性耐藥性和醫院獲得性耐藥性之分。常見的醫院獲得性耐藥菌株為耐甲氧西林金葡菌（MRSA）和凝固酶陰性葡萄球菌、耐萬古黴素腸球菌（VRE），多重耐藥菌有克雷伯杆菌屬、腸杆菌屬以及假單孢菌。常見的社會獲得性耐藥菌株有產β內酰胺酶的大腸杆菌屬、耐阿莫西林的卡他莫拉菌，耐藥肺炎球菌，多重耐藥結核杆菌、沙門菌屬、誌賀菌屬、彎曲菌屬以及耐青黴素淋病奈瑟菌屬。醫院獲得性感染，僅在美國一年就有40，000病例死亡，幾乎都是由耐藥菌所致；國內對2000～ 2001年從13家醫院分離的805株革蘭陽性菌進行耐藥監測。結果,MRSA檢出率為37.4%,其中醫院獲得性耐藥菌株的檢出率為89.2%，社會獲得性耐藥菌株為30.2%;MRSE為33.8%,耐青黴素肺炎球菌（PRSP）為26.6%,屎腸球菌(AREF)對氨苄青黴素耐藥率為73.8%。大腸杆菌對各種喹諾酮類呈交叉耐藥,耐藥率高達60%。
多重耐藥性是指同時對多種抗菌藥物發生的耐藥性。是外排膜泵基因突變和外膜滲透性的改變及產生超廣譜酶所致。最多見的是耐多藥結核杆菌和耐甲氧西林金葡菌, 以及在ICU中出現的鮑曼不動杆菌和銅綠假單胞菌,僅對青黴烯類敏感;嗜麥芽窄食單胞菌幾乎對複方新諾明以外的全部抗菌藥耐藥。
交叉耐藥性是指藥物間的耐藥性互相傳遞,主要發生在結構相似的抗菌藥物之間。如目前大腸杆菌對喹諾酮類的交叉耐藥率已超過60%。
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