低免疫人群的增長、超廣譜抗生素的廣泛應用使真菌感染迅速增加，侵襲性念珠菌及曲黴感染使重症監護病房（ICU）的病死率明顯上升，50-75%的病例不能在生前獲得細菌學的陽性結果，因此加強真菌檢測的規範化操作，提高檢測陽性率及藥敏試驗的正確率十分必要。
（一） 真菌塗片的規範化
真菌塗片是真菌鑒定最重要的方法，真菌檢驗人員應熟悉真菌的形態特點；無菌體液標本塗片應離心濃縮以增加陽性率，並一定要檢測菌絲；對痰及口腔標本要進行定量（菌落計數）或半定量（用加號表示，在分區劃線的3個區都豐富生長報告為+++、依次類推2個區生長為++、1個區生長為+）；組織標本塗片要研磨後塗片但要保護菌絲體的形態；在標本量許可的前題下塗片不應少於3張。
（二） 真菌鑒定的規範化
對酵母樣真菌如念珠菌或隱球菌在常規臨床細菌室已有較成熟的方法學，可用顯色培養基或自動化係統鑒定真菌；常規鑒定絲狀真菌主要依賴於其生長過程中形態變化和特點，所以要求從事絲狀真菌檢測的檢驗人員應作專業短期培訓；任何實驗室都應建立規範的塗片鑒定方法，要正確區分酵母樣真菌或絲狀真菌、毛黴菌和曲黴（有頂囊），對不常見的真菌不要輕易作為汙染菌報告，
（三） 真菌藥敏的質量保證
建立稀釋法藥敏試驗，報告MIC值的報告對臨床更有參考價值；必須正確掌握終點判斷標準，氟康唑、伊曲康唑、氟胞嘧定等藥物終點允許有20%真菌生長而兩性黴素B應無真菌生長作為終點；對無折點的抗真菌藥物藥敏試驗報告可隻報告MIC，不能報告敏感度。鑒定真菌到種水平是臨床用藥的重要的參考。
（四） 要重視組織標本的培養
首先要無菌采集組織標本，接種前要無菌作適當粉碎將組織內的菌絲體暴露。每一份組織標本必須同時做塗片和培養。
（五）開展非培養方法的真菌檢查試驗，如-D葡聚糖和或診斷曲黴菌的GM試驗，用於區別真菌、曲黴菌或細菌感染。
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