菊花莖尖培養是在適宜的條件下，大多經培養直接誘導產生植株。而花瓣培養則要去分化，先形成愈傷組織，從愈傷組織再分化產生完整的植株，有的則可產生胚狀體而長成完整植株。由於在培養中需經過愈傷組織途徑，有去分化和再分化的過程，因而由花瓣培養產生的植株往往有變異產生，表現在植株、葉形、花色、花形等多方麵變異，如小苗葉片的葉形、厚薄、缺刻深淺變化。光周期性變化，從短日性變為中日性。株型、花色、花型、瓣型等變化，所以花瓣培養可用來進行菊花新品種的繁育。且其與雜交育種和輻射育種相比，有節省設備和人力、簡便易行、機遇高等優點。此外花瓣植株是通過愈傷組織途徑產生的，不帶病毒，所以對沒有產生變異類型的菊花來講，也可起到複壯提高種性的作用，故花瓣植株表現也生長健壯，花大而豔麗。
1)菊花花瓣培養的方法
取菊花開花前2～3天已露白的花蕾，整個剪下，在自來水下衝洗十幾min，然後在無菌條件下，用75%的酒精浸泡10～15min進行表麵滅菌，後用無菌水衝冼兩次，再用10%的漂白粉澄清液浸泡20min，再用無菌水衝洗3～4次。然後用無菌濾紙吸幹水分，
接種 用剪刀取舌狀花，再用解剖刀切取舌狀花約5mm見方大小，接種到MS基本培養基上，添加BA 1～3mg/l， NAA0.5～2mg/l。
培養條件：接種後置於溫度25℃左右，光照強度2000lx，每天照光12小時的條件下培養。
培養過程：花瓣培養10天左右，開始產生愈傷組織，成一圓塊狀，色淡黃至嫩綠，
胚狀體培養 培養20～30天後，從愈傷組織分化產生根係，以後又分化出芽點，但不成軸狀結構。有些品種在愈傷組織生長30天左右，表麵可出現大量綠色圓粒狀物，用放大鏡可觀察到似魚卵群集，即分化形成了胚狀體，這是花瓣體細胞產生的，故為無性胚，數量大、成苗多。生長到40～50天後則可見到大量的芽生長產生。
再分化培養 有些愈傷組織還需轉移到分化培養基，才能誘導分化得到花瓣苗。分化培養基在原來誘導基礎上，降低其中的生長素濃度或提高細胞分裂素的濃度。配製好分化培養基，將愈傷組織切成約5mm大小接入，約20～30天培養，又可分化出植株。
生根培養 最後需轉移生根培養基，當芽高具3～4片葉時，移入NAA0.3mg/l的MS培養基中，約經2周培養，產生數條根係，即可得到完整的試管花瓣植株。
菊花無病毒苗的培養
菊花為多年生宿根無性繁殖作物，常年靠分離母體的一部進行繁殖，因此病毒代代相傳，在母體中逐代積累，濃度越來越高，影響植株的生長趨勢、花形、花色、花的大小和產花量，過去一直沒有較有效的方法克服，現在證明用組織培養的方法可根除或減緩病毒的影響。
危害菊花的病毒有：①菊花斑紋病毒,造成葉上有輕斑紋，葉脈透明，花瓣上也有斑紋。②菊花矮縮類病毒，受害株比正常株矮1/2～2/3，葉有黃色斑點或成帶狀，花小，開花早。③菊花輕斑駁病毒，葉有輕微斑紋，花褪色，也有斑。④蕃茄不孕病毒,葉片大多無病症,表現花形小，花瓣生長不整齊，有萎蔫現象。此外還有畸花病毒、綠花病毒、褪綠斑駁病毒、花葉病毒等。
1)莖尖培養脫毒
切取頂芽或腋芽3～5cm，去掉展開的葉，隻留護芽的嫩芽。先用自來水衝冼，用0.1%升汞或飽和漂白粉上清液對材料進行表麵滅菌，再用無菌水涮冼數次。在雙筒解剖鏡下剝離生長點，分離到0.5mm以下，一般帶2個葉原基。分離出的莖尖，生長點朝上，迅速接種或放置滅菌水表麵，以防莖尖脫水。
菊花無病毒可用指示植物鑒定法、抗血清鑒定法、電鏡檢視法等檢測。如果檢測時仍有病毒存在，就應淘汰該植株。如果已證明脫除了主要危害的病毒，隻要取得一株無毒苗即可繁殖大量的無毒種苗。這樣經嚴格鑒定的去毒苗，稱為原原種，原原種種源應保存在試管裏和有隔離條件和消毒製度的保護區域裏栽培，以防止再度遭到病毒的侵襲。由原原種繁殖產生的植株稱為原種。在有試管繁殖的條件下，可以年年栽培原種種苗，保證無病毒的影響。
2)熱處理脫毒
菊花也可采用熱處理方法來進行脫毒，在35～36℃的條件下栽培兩個月，可以達到脫毒的效果。但是熱處理隻能除去菊花矮縮類病毒和蕃茄不孕病毒，而不能除去菊花輕斑駁病毒和褪色斑駁病毒，後者隻有通過莖尖培養途徑脫毒來達到目的。
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