禽流感病毒可在水禽的消化道中繁殖。
主要為患禽流感或攜帶禽流感病毒的家禽，另外野禽或豬也可成為傳染源。許多家禽都可感染病毒發病：火雞、雞、鴿子、珍珠雞、鵪鶉、鸚鵡等陸禽都可感染發病，但以火雞和雞最為易感，發病率和死亡率都很高；鴨和鵝等水禽也易感染，並可帶毒或隱性感染，有時也會大量死亡。各種日齡的雞和火雞都可感染發病死亡，而對於水禽如雛鴨、雛鵝其死亡率較高。
除野禽，如天鵝、燕鷗、野鴨、海岸鳥和海鳥等外，還從以下多種鳥中分離到流感病毒；燕八哥、石雞、麻雀、烏鴉、寒鴉、鴿、岩鷓鴣、燕子、蒼鷺、加拿大鵝及番鴨等。據國外報道，已發現帶禽流感病毒的鳥類達88種，而鼠類不能自然感染流感病毒。
不同品種的家禽感染禽流感的幾率不同，但目前尚未發現高致病性禽流感的發生與禽的性別有關，高致病性禽流感病毒也可通過雞蛋傳播。
高致病性禽流流在禽群之間的傳播主要依靠水平傳播，如空氣、糞便、飼料和飲水等；而垂直傳播的證據很少。但通過實驗表明，實驗感染雞的蛋中含有流感病毒，因此不能完全排除垂直傳播的可能性。所以，不能用汙染雞群的種蛋做孵化用。
病毒可以隨病禽的呼吸道、眼鼻分泌物、糞便排出，禽類通過消化道和呼吸道途徑感染發病。被病禽糞便、分泌物汙染的任何物體，如飼料、禽舍、籠具、飼養管理用具、飲水、空氣、運輸車輛、人、昆蟲等都可能傳播病毒。
主要經呼吸道傳播，通過密切接觸感染的禽類及其分泌物、排泄物，受病毒汙染的水等，以及直接接觸病毒毒株被感染。在感染水禽的糞便中含有高濃度的病毒，並通過汙染的水源泉由糞便-口途徑傳播流感病毒。目前還沒有發現人感染的隱性帶毒者，尚無人與人之間傳播的確切證據。
人類對禽流感的研究和防治工作已有100多年的曆史。目前研究結果表明，禽流感病毒中缺乏人流感病毒的基因片段，除非禽流感病毒與人流感病毒發生基因重組，否則它很難侵犯人類，導致人與人間傳播。人禽流感的發生，目前隻可能是因接觸的病禽而感染。人感染病毒的幾率很小。
一般認為任何年齡均具有易感性，但12歲以下兒童發病率較高，病情較重。與不明原因病死家禽或感染、疑似感染禽流感家禽密切接觸人員為高危人群。
禽流感是世界範圍分布的，1994年、1997年、1999年和2003年分別在澳大利亞、意大利、中國香港、荷蘭等地爆發，2005年則主要在東南亞和歐洲爆發。除雞群中的禽流感主要發生在冬、春季節外，沒有其他明顯的規律性。高致病性禽流感疫情的蔓延引起世界關注。我國氣象專家對疫情地氣候特征的分析表明，禽流感“不喜”睛熱天氣。
世界衛生組織（WHO）認為，病禽糞便是傳播的主要渠道，也有專家認為，候鳥的遷徙也是傳播途徑之一。
天氣氣候條件作為自然環境中的一個重要因子，其變化或異常通常會對一些疾病的發生、加重或緩解起一定作用。專家認為，禽流感病毒喜歡冷涼和潮濕，陽光中的紫外線對病毒有一定的殺滅作用。冬末春初，冷空氣活動頻繁，氣溫忽高忽低，對控製和預防禽流感的發生將是不利的。另外，隨著氣溫的回暖，候鳥將會向北遷徙，候鳥傳播病毒的範圍將會擴大，對控製禽流感發生也將是不利的。
WHO認為，病雞糞便中的H5N1禽流感病毒株會散布在空氣中，並被風帶走而傳播禽流感。從日照時數看，分析材料顯示，日照較少的地區易發生禽流感。這與農業專家提出的禽流感病毒在陽光下隻能存活24～28h，一般多在冬春兩季流行，在5～10月份就基本平複的觀點是一致的。
高致病性禽流感病毒主要通過空氣進行傳染，借助病毒表麵的血凝素（H），與呼吸道黏膜上皮細胞表麵的相應受體結合，吸附可宿主的呼吸道上皮細胞上。又借助病毒表麵的神經氨酸酶（N）作用於核蛋白的受體，使病毒和上皮細胞的核蛋白結合，在核內組成RNA型可溶性抗原，並滲出至胞質周圍，複製子代病毒，通過神經氨酸本作用，以出芽方式排出上皮細胞。一個複製過程的周期為4～6h，排出的病毒擴散至附近細胞，產生炎症反應，臨床上出現發熱，肌肉痛和白細胞減低等全身毒血症樣反應。
病毒主要侵入呼吸道黏膜的上皮細胞，引起上皮細胞增生、壞死、黏膜局部充血、水腫和淺表潰瘍等卡他性病變。4～5d後，基底細胞層病變可擴展到支氣管、細支氣管、肺泡和支氣管周圍組織，引起黏膜水腫、充血、淋巴細胞浸潤，並伴有微血管栓塞、壞死、小動脈瘤形成和出血等，引發全身毒血症樣反應。少數重症進行性肺炎除細支氣管炎症變化外，可有肺泡壁充血水腫、纖維蛋白滲出，單核細胞浸潤和透明膜形成，以及肺出血等，引起諸多並發症。
高致病性禽流感病毒毒力較強，引發的傳染性變態反應（IV型變態反應）是導致進行性肺炎、急性呼吸窘迫綜合證（ARDS）和多器官功能障礙綜合征（MODS）等嚴重並發症的根本原因。
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