真菌營養生長階段的結構稱為營養體。絕大多數真菌的營養體都是可分枝的絲狀體，單根絲狀體稱為菌絲(hypha)。許多菌絲在一起統稱為菌絲體(mycelium)。菌絲體在基質上生長的形態稱為菌落(colnny)。菌絲在顯微鏡下觀察時呈管狀，具有細胞壁和細胞質，無色或有色。菌絲可無限生長，但直徑是有限的，一般為2—30微米，最大的可達100微米。此外，少數真菌的營養體不是絲狀體，而是無細胞壁且形狀可變的原質團(plasmodium)或具細胞壁的、卵圓形的單細胞。寄生在植物上的真菌往往以菌絲體在寄主的細胞間或穿過細胞擴展蔓延。
當菌絲體與寄主細胞壁或原生質接觸後，營養物質因滲透壓的關係進入菌絲體內。有些真菌如活體營養生物侵入寄主後，菌絲體在寄主細胞內形成吸收養分的特殊機構稱為吸器(hauStorium)。吸器的形狀不一，因種類不同而異，如白粉菌吸器為掌狀，霜黴菌為絲狀，鏽菌為指狀，白鏽菌為小球狀。有些真菌的菌絲體生長到一定階段，可形成疏鬆或緊密的組織體。苗絲組織體主要有菌核(sclerotium)、子座(stroma)和菌索(rhizomorph)等。菌核是由菌絲緊密交織而成的休眠體，內層是疏絲組織，外層是擬薄壁組織，表皮細胞壁厚、色深、較堅硬。菌核的功能主要是抵抗不良環境。但當條件適宜時，菌核能萌發產生新的營養菌絲或從上麵形成新的繁殖體。菌核的形狀和大小差異較大，通常似綠豆、鼠糞或不規則狀。子座是由菌絲在寄主表麵或表皮下交織形成的一種墊狀結構，有時與寄主組織結合而成。子座的主要功能是形成產生抱子的機構，但也有度過不良環境的作用。菌索是由菌絲體平行組成的長條形繩索狀結構，外形與植物的根有些相似，所以也稱根狀菌索。菌索可抵抗不良環境，也有助於菌體在基質上蔓延。
有些真菌菌絲或孢子中的某些細胞膨大變圓、原生質濃縮、細胞壁加厚而形成厚垣孢子(chlamydospore)。它能抵抗不良環境，待條件適宜時，再萌發成菌絲。
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