無菌檢查、微生物限度檢查的所有操作均需在嚴格控製微生物汙染的環境下進行，操作環境的無菌保證程度將直接影響無菌檢查結果，為了保證無菌檢查用潔淨室（區）環境的穩定性，確保檢查結果的可靠性，對潔淨室（區）的環境質量采取合理的控製措施和評價方法是必要的。無菌檢查、微生物限度檢查應在環境潔淨度10000級和局部潔淨度100級的單向流空氣區域內或隔離係統中進行，其全過程必須嚴格遵守無菌操作，防止微生物汙染。單向流空氣區、工作台麵及環境應定期按《醫藥工業潔淨室（區）懸浮粒子、浮遊菌和沉降菌的測試方法》的現行國家標準進行潔淨度驗證。隔離係統按相關的要求進行驗證，其內部環境的潔淨度須符合無菌檢查的要求。
無菌室應采光良好、避免潮濕、遠離廁所及汙染區。麵積一般不超過10平方米，不小於5平方米；高度不超過2.4m。由1~2 個緩衝間、操作間組成（操作間和緩衝間的門不應直對），操作間與緩衝間之間應具備滅菌功能的樣品傳遞箱。在緩衝間內應有洗手盆、毛巾、無菌衣褲放置架及掛鉤、拖鞋等，不應放置培養箱和其他雜物；無菌室內應六麵光滑平整，能耐受清洗消毒。牆壁與地麵、天花板連接處應呈凹弧形，無縫隙，不留死角。操作間內不應安裝下水道。
無菌操作室應具有空氣除菌過濾的單向流空氣裝置，操作區潔淨度100級或放置同等級別的超淨工作台，室內溫度控製18~26℃，相對濕度45%~65%。緩衝間及操作室內均應設置能達到空氣消毒效果的紫外燈或其他適宜的消毒裝置，空氣潔淨級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大於5Pa，潔淨室（區）與室外大氣的靜壓差大於10Pa。無菌室內的照明燈應嵌裝在天花板內，室內光照應分布均勻，光照度不低於300lx。緩衝間和操作間所設置的紫外線殺菌燈（2~2.5W/平方米），應定期檢查輻射強度，要求在操作麵上達40/μW/平方厘米，不符合要求的紫外殺菌燈應及時更換。
無菌室應每周和每次操作前用0.1%新潔爾滅或2%甲酚液或其他適宜消毒液擦拭操作台及可能汙染的死角，開啟無菌空氣過濾器及紫外燈殺菌1小時。在每次操作完畢，同樣用上述消毒溶液擦拭工作台麵，除去室內濕氣，用紫外燈殺菌半小時。
無菌室的潔淨度檢查無菌室在消毒處理後，無菌試驗前及操作過程中需檢查空氣中菌落數，以此來判斷無菌室是否達到規定的潔淨度，常有沉降菌和浮遊菌測定方法。
沉降菌檢測方法及標準；以無菌方式將3個營養瓊脂平板帶入無菌操作室，在操作區台麵左、中、右各放1個；打開碟蓋扣置，平板在空氣中暴露30分鍾後將碟蓋蓋好，置32.5℃±2.5℃培養48小時，取出檢查，3個平板上生長的菌落數平均不超過1個。
浮遊菌檢測方法及標準：用專門的采樣器，宜采用撞擊法機理的采樣器，一般采用狹縫式或離心式采樣器，並配有流量計和定時器，嚴格按儀器說明書的要求操作並定期校驗，采樣器和培養皿進入被測房間前先用消毒房間的消毒劑滅菌，使用的培養基為營養瓊脂培養基或藥典認可的其它培養基。使用時，先開動真空泵抽氣，時間不少於5分鍾，調節流量、轉盤、轉速。關閉真空泵，放入培養皿，蓋上采樣器蓋子後調節縫隙高度。置采樣口於采樣點後，依次開啟采樣器、真空泵，轉動定時器，根據采樣量設定采樣時間。全部采樣結束後，將培養皿置32.5℃±2.5℃培養48小時，取出檢查，浮遊菌落數平均不得過5個/平方米。
每批培養基應選定3隻培養皿做對照培養。
無菌操作台麵或超淨工作台還應定期請有關部門檢測其懸浮粒子，應達到100級（一般用塵埃粒子計數儀）檢測塵埃粒徑≥0.5μm的粒數不得超過3.5個/升，≥5μm的粒數為0，空氣流速應≥0.35m/s，可根據無菌狀況必要時置換過濾器。
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