（一）、糞便汙染指示菌
人畜糞便中攜帶有大量致病性微生物。如果將這類汙染物排人水體，就可能引起各種腸道疾病和某些傳染病的暴發流行。因此，對水體的糞便汙染狀況進行監測具有重要意義。
直接檢測各種病原菌十分煩瑣和耗時耗費。此外，由於水中的致病菌少，直接檢測也很困難，即使檢測結果陰性，也不能保證水中不含致病微生物。 因此，在水質衛生學檢查中，通常采用易檢出的腸道細菌作為指示菌，取代對病原菌的直接檢測。若水樣中檢出這類指示菌，即認為水體曾受糞便汙染，有可能存在致病菌。檢測到的指示菌越多，汙染越嚴重。
腸道細菌中的大腸菌群是普遍采用的糞便指示菌。在水質衛生學檢查的結果中，常用“大腸菌群指數”和“大腸菌群值”作指標。大腸菌群指數是指每 L 水中所含的大腸菌群細菌的個數。大腸菌群值則是指檢出一個大腸菌群細菌的最少水樣量（ ml 數）。兩者間的關係可表示為：
大腸菌群值 =1000 ／大腸菌群指數
我國飲用水的質量標準規定，大腸菌群指數不得大於 3 ，大腸菌群值不得小於 333ml 。
（二）、有機汙染指示菌
自然水體中的腐生細菌數與有機物濃度成正比。因此，測得腐生細菌數或腐生細菌數與細菌總數的比值，即可推斷水體的有機汙染狀況。研究證明，這種推斷與實測結果十分吻合。根據水體中腐生細菌的數量，可以將水體劃分為多汙帶、中汙帶和寡汙帶。按照腐生細菌數與細菌總數的比值，則可以把水體分為 α - 腐生帶、 β - 腐生帶和多 - 腐生帶
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