在自然界，土壤是微生物棲息生長的最適環境。土壤中存在著種類繁多、數量巨大的各種微生物，它們構成了一個相對穩定的生態群落。一個或多個有害的微生物種群，從外界侵人土壤並在其中大量繁衍，可以破壞原來的動態平衡，對人類或生態係統產生不良影響。未經處理的糞便、垃圾、城市生活汙水、以及飼養場和屠宰場的汙物等，均可帶入有害的微生物種群，造成土壤汙染。其中，以傳染病醫院來經消毒處理的汙水和汙物危害最烈。
汙染土壤的病原微生物類同於汙染水體的微生物。它們不僅危害人類健康，也嚴重地危害植物，造成農業減產。例如某些植物致病細菌侵入土壤後，能夠引起番茄、茄子、辣椒、馬鈴薯、煙草、顛茄等百餘種茄科植物和茄科以外植物的青枯病，也能夠引起果樹的細菌性潰瘍和根癌病。某些致病真菌則能夠引起大白菜、油菜、芥菜。蘿卜、甘藍、薺菜等一百餘種栽培和野生十字花科蔬菜的根腫病，也能誘發茄子、棉花、黃瓜、西瓜等多種植物的枯萎病，菜豆、豇豆等的根腐病，以及小麥、大麥、燕麥、高梁、玉米、穀子的黑穗病等。
要防治土壤的微生物汙染，必須對汙染源進行無害處理。並通過研究汙染微生物在土壤以及生態係統中的遷移、分布和消長規律，采取相應的控製措施。
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