黴菌性食物中毒主要由少數產毒黴菌產生的毒素所引起的。一種菌種或菌株可產生幾種不同的毒素，同一毒素也可由不同的黴菌所產生。對汙染黴菌的檢測結果表明，汙染各類的主要是曲黴和青黴，汙染肉類的主要是美麗枝黴（ Thamnidium elegans ）和毛黴（ Mucor ）等，而汙染飼料的主要是曲黴、青黴和枝孢黴（ Ephelis ）等。
常見的黴菌毒素食物中毒有：
（ 1 ）黃曲黴毒素中毒（ aflatoxicosis ） 黃曲黴毒素是黃曲黴（ A.flavus ）和寄生曲黴（ A.parasiticus ）產生的一類結構類似的代謝混合產物，有 17 種之多。其基本結構都是二呋喃環和香豆素，前者為基本毒性結構，後者為為致癌物。黃曲黴毒素非常穩定，耐熱，在熔點（ 200 ℃ ~300 ℃）之下不會分解，且其毒性非常強，主要損傷肝髒，使肝細胞壞死、出血及膽管增生，有明顯的致癌作用。產生黃曲黴毒素的黴菌主要汙染糧食及其製品，花生、花生油、大米、棉籽等，奶、鹹魚等也有汙染。
（ 2 ）赤黴病麥中毒（ trichothecene toxicosis ） 赤黴病麥中毒是食用了受赤黴病害的麥類食物後發生的中毒現象。引起麥類赤黴病的病原菌主要是鐮刀菌（ Fusarium ）中的禾穀鐮刀菌（ F.graminearum ）、串珠鐮刀菌（ F.moniliforme ）、尖孢鐮刀菌（ F.axysporum ）、燕麥鐮刀菌（ F.avenaceum ）等。它們可產生能引起嘔吐的赤黴病麥毒素和具有雌性激素作用的玉米赤黴烯酮兩類黴菌毒素。
（ 3 ）黃變米中毒（ yellow rice toxicosis ） 受黴菌代謝產物汙染後米粒變黃，稱為黃變米。根據汙染黴菌的不同，黃變米可分為三種，即黃綠青黴黃變米，其受黃綠青黴（ P.citeoviride ）產生的黃綠青黴素（ citreoviridin ）汙染，這種毒素毒性強烈，侵害神經，可導致死亡。第二種為桔青黴黃變米，其受桔青黴（ P.citrinum ）的毒素桔青毒素（ citrinin ）汙染，此毒素主要損害腎髒，引起實質性病變。第三種是島青黴黃變米，其受島青黴（ P.islandicum ）產生的黃天精（ luteoskyrin ）和島青黴毒素（ islanditoxin ）兩毒害肝髒的毒素所汙染。
（ 4 ）麥角中毒（ ergotism ） 此類中毒是由於食用了帶有麥角的麥類或麥製品所引起。其病原菌為麥角菌（ Claviceps purpurea ），此菌能形成麥角胺、麥角類堿和麥角新堿三類生物堿，其中麥角胺可引起食物中毒，急性為惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉，心力衰竭、昏迷等，慢性有不同症狀。
除了上述之外，還有甘蔗的黴變中毒等由黴菌有毒代謝物引起的食物中毒。
當人們誤食了汙染有致病性細菌、或細菌、黴菌產生的毒素的食品後，就會發生中毒症狀，嘔吐，腹瀉、頭痛、體溫升高、甚至血便、吞咽困難、語言障礙、呼吸困難和死亡等。
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