環境pH可引起細胞膜電荷的變化，從而影響微生物對營養物質的吸收，影響代謝過程中酶的活性；改變營養物質的可給性和有害物質的毒性。介質的pH不僅影響微生物的生長，甚至影響微生物的形態。
各種微生物有其最適pH值和一定的pH範圍。強酸強堿對一般微生物有致死作用。通常，酵母菌和黴菌適宜pH4～6的環境，放線菌適宜pH為7.5～8，細菌則為6.5～7.5。
嗜酸菌，如氧化硫硫杆菌（Thiobacillus thiooxidans）最適pH2～3.5；結核杆菌則抗強堿。
微生物代謝活動會改變環境pH值，所以培養基中往往要加緩衝劑，對於要求pH6.5～7.5的微生物，常用緩衝劑為磷酸鹽；要求堿性時，一般用硼酸鹽或甘氨酸為好；若要求pH＞9，則可用重碳酸鹽；微酸性，用檸檬酸鹽；pH＜4.5，可用檸檬酸鹽、乙酸鹽或二甲基戊酸鹽。
盡管不同微生物對環境pH值有不同要求，但各種微生物細胞內的pH值都十分接近中性。與最適溫度一樣，微生物生長繁殖的最適pH與其合成某種代謝產物的最適pH常不一致，在生產實踐中，按需要改變pH值，可提高生產效率。
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