1、淡水水體中微生物分布狀況
地麵水中微生物的種類和數量較多，一般與其所處的環境條件有關。清潔的湖泊、池塘和水庫中微生物較少，有機質豐富的湖泊中，微生物也較多。停滯的塘水、汙染的江河水以及下水道的溝水中，微生物較多。
地下水因經過深厚的土層過濾，幾乎大部分微生物被阻留在土壤中。
2、海水微生物的分布和種類
海水中的微生物除來源於河水、雨水及汙水等環境中臨時種類外，絕大多數是嗜鹽菌，並耐高滲透壓。
水體中微生物的數量主要與有機質含量有關。
微生物在海水中的垂直分布一般規律為：表層主要是好氧性異養菌，低層水體中，主要是厭氧腐生及硫酸還原菌，兩層之間紫硫菌較多。在0~10米深的海水中，菌數較少，藻類和原生動物占較大比例，10~50米的海水中，菌數逐漸增加，50米以下，菌數逐漸減少，200米以下，菌數更少，在海底沉積物上，存在大量的微生物。
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