實驗室應選擇在清潔安靜的場所，遠離生活區，鍋爐房與交通要道；實驗室應選擇在光線充足，通風良好的場所，要與生產加工車間有一定距離；實驗室應選擇在方便扡樣與檢驗，距離車間較近的工作場所。
二、結構和布局：
根據生產實際需要，一般工廠應設置細菌與理化檢驗兼有的綜合實驗室，主要包括以下三大部分：細菌實驗室、理化實驗室、辦公室。
1. 辦公室
理化分析實驗室：（或者和細菌檢驗操作室合並）
①理化分析室（兼作感觀檢驗室）
②儀器室（兼放細菌室顯微鏡等少量儀器）
細菌實驗室：
①細菌檢驗操作室；
②無菌室；
③培養基製作室；
④洗滌消毒室；
一般布局要求如下：
1. 辦公室：辦公室是化驗人員進行原始記錄等各項工作的場所，是與非化驗室人員交往較多的場所，因此，應設在整體綜合化驗室的最外層，隻需有桌、椅等簡單設施即可。
2. 細菌檢驗操作室（常規操作）細菌檢驗操作室是細菌培養與檢驗主要操作室，主要設施是實驗台。
對實驗台的要求：
a.實驗台麵積一般不小於2.4×1.3m；
b.實驗台位置應在實驗室中心位置，要有充足光線；也可以做邊台。
c.實驗台兩側安裝小盆與水龍頭；
d.實驗台中間設置試劑架，架上裝有日光燈與插座；
e.實驗台材料要以耐熱、耐酸堿為宜。
3. 無菌室：無菌室通過空氣的淨化和空間的消毒為微生物實驗提供一個相對無菌的工作環境，無菌室是處理樣品和接種培養的主要工作間，應與細菌檢驗操作室緊密相連。為滿足無菌室無菌要求，無菌間應滿足以下布局：
入口避開走廊，設在細菌檢驗操作室內；
b.與操作室用兩道緩衝間隔開；
c.無菌室與緩衝間均裝有紫外燈，要求每3平米安裝30ｗ紫外燈一盞；
d.無菌室內設有實驗台中央（實驗台與邊台皆可），紫外燈距實驗台麵要小於1.5m；
e.無菌室與操作室之間設有雙層窗構成小通道。
4. 培養基製作室：培養基室是製作、配製微生物培養所需培養基及檢驗用試劑的場所，其主要設備應為邊台與藥品櫃。
a.邊台上要放置電爐，以滿足熔化煮沸培養基時用；
b.邊台材料要耐高熱、耐酸堿；
c.藥品櫃分門別類存放一些一般藥品及試劑；
d.危險、易腐易燃有毒有害藥品單獨設保險櫃存放；
e.邊台上要放天平，以稱取藥品用。
5. 洗滌消毒室：洗滌消毒室用以消毒洗滌待用與已用之玻璃器皿，培養基及汙物，其麵積應大於10m2 。
為滿足洗滌消毒的功能，洗滌消毒室應設有：
a.1-2個洗滌池，洗滌池上下水網要暢通；
b.器皿櫃或實驗台，以放置洗滌好器皿；
c.高壓滅菌鍋，其所用電源應滿足用電負荷；
d.室內安有通風裝置（通風櫃）或換氣扇；
e.有條件的單位還可在該室內，設供日常檢驗用水蒸餾水器裝置。
6. 理化分析室：（如果沒有條件，這個可以和微生物常規實驗室合並）理化分析室是物理化學分析的主要操作室。
a.實驗台與細菌操作室要求相同
b.設置通風櫃以滿足加熱、消化、幹燥、燒灼和化學處理等工作需要；
7. 儀器室：如果沒有條件，這個可以和微生物常規實驗室合並，用以放置顯微鏡、電子天平及理化分析用小型儀器；
要求清潔幹燥、防潮防蟲、避光；
b.儀器台要穩固、牢靠。
對於小的企業實驗室，如果沒有更多的房間進行區分，應該可以通過規劃房間分區，以保證實驗室不同工作區（潔淨區和一般操作區）之間有一定區分,因此，最少應保證4個房間或者4個分區。
1．洗刷消毒區域，這個區域要求相對獨立，最好以房間間隔，因為這個區域處理廢物，有一定的汙染和濕度。
2．培養基配製區域，用於培養基的配製，經常有水等，需要相對獨立一些。
一般操作區域，這個是主要操作區域，微生物的試驗結果的觀察，顯微鏡操作，一般的簡單理化操作，儀器設備等，都可以合並在這個房間或者區域進行。
無菌操作區域，無菌間，這個要求獨立。
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