菌根菌的共生通常伴隨著益菌產生，這些益菌可預防病原菌的侵害，因為這些益菌占據了根圈附近有利的生態地位，因此阻隔了病原菌的增生。真菌菌絲的分泌物使土壤粒子團粒化而改善了土壤結構，而且當真菌菌絲分解後，產生的有機物質有利於土壤中分解細菌的存活，使得整個土壤中微生物的組成達到動態平衡。然而在惡劣的土壤條件下，也許菌根菌最重要的功能在於改良土壤結構。
菌根最主要的功能在於增強植物對養分的吸收能力，尤其是磷肥，因為磷本身具有不溶解性，在土壤中常被固定，屬較不易移動的離子，當根係周遭的磷耗盡，即產生養分缺乏的情況，而菌根所產生的菌絲可伸展超出此區域，進而利用原本吸收不到的磷，然而許多學者亦發現在土壤養分優沃的狀態下，菌根的發育卻是受到壓抑的。 增進水分吸收能力以增強對幹旱的抗性，則是菌根的另一項功能，學界已有許多的理論可用來解釋它是如何產生作用的，它可能是藉由磷濃度的調節而進行，藉由增加磷的吸收，亦促進水分的吸收與蒸散作用；亦有人認為可能是菌絲增加了植物根部的吸收麵積；此外也有報告指出可能是菌根使植物產生了生長調節劑，而改變植物本身的生理機能，植物荷爾蒙產生於植物的生長點，菌根可促使植物增加生長點的數量，而這些植物荷爾蒙亦會對植物氣孔的傳導功能產生作用，因而影響植物體內水分移動的狀況。
而真菌在幫助植物時，亦能從植物體中獲取生長所需的碳水化合物與氨基酸等，良好的共生關係促使菌根菌得以拓展迅速，其拓展進而增加植物抵抗逆境的能力，形成大自然中菌類與植物間相輔相成、密不可分的微妙關係。
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