傳統工藝製醋是利用自然界中野生菌製曲、發酵，因此，涉及的微生物種類繁多。如黴菌屬的根黴、曲黴、毛黴、犁頭黴；酵母屬中的漢遜氏酵母、假絲酵母以及芽孢杆菌、乳酸菌、醋酸菌、產氣杆菌等。在眾多的微生物中，有對釀醋有益的，也有對釀醋有害的菌種。新法釀醋，均采用經人工選育的純培養菌株，進行製曲、酒精發酵和醋酸發酵。其好處是釀醋周期短，原料利用率高，因此帶來了顯著的經濟效益。
曲黴菌
曲黴菌有豐富的澱粉酶、糖化酶、蛋白酶等酶係，因此常用曲黴菌製糖化曲。糖化曲是水解澱粉質原料的糖化劑，其主要作用是將製醋原料中澱粉水解為糊精，蛋白質被水解為肽、氨基酸，有利於下一步酵母菌的酒精發酵以及之後的醋酸發酵。曲黴菌可分為黑曲黴和黃曲黴兩大類群。黑曲黴的分生孢子穗呈碳黑色或褐黑色或紫黑色，因而，菌叢呈黑色，但也有顯五色的突變種。黑曲黴最適生長溫度為30～35℃。除分泌糖化酶、液化酶、蛋白酶、單寧酶外，黑曲黴還有果膠酶、纖維素酶、脂肪酶、氧化酶、轉化酶活性。適宜於釀醋的菌株有甘薯曲黴AS3.324、鄔氏曲黴AS3.758、東酒1號、黑曲黴AS3.4309(UV-11)等。黃曲黴群包括黃曲黴和米曲黴。它們的主要區別：前者小梗多為雙層，而後者小梗多為單層，很少有雙層。黃曲黴的分生孢子穗呈黃綠色，發育過程中菌叢先由白色轉為黃色，最後變成黃綠色，衰老的菌落則呈黃褐色。最適生長溫度為30～35℃。黃曲黴群的菌株除有豐富的蛋白酶、澱粉酶外，還有纖維素酶、轉化酶、菊糖酶、脂肪酶、氧化酶等。黃曲黴中的某些菌株會產生對人體致癌的黃曲黴毒素，為安全起見，必須對菌株進行嚴格檢測，確證無黃曲黴毒素產生者方能使用。米曲黴一般不產生黃曲黴毒素。米曲黴中常用的菌株有滬釀3.040、滬釀3.042(AS 3.951)、AS 3.863等。黃曲黴菌株有AS 3.800、AS3.384等。
酵母菌
在食醋釀造過程中，澱粉質原料經曲的糖化作用產生葡萄糖，酵母菌則通過其酒精發酵酶係將葡萄糖轉化為酒精和二氧化碳，完成釀醋過程中的酒精發酵階段。除酒化酶係外，酵母菌還有麥芽糖酶、蔗糖酶、轉化酶、乳糖分解酶和脂肪酶等。在酵母菌的酒精發酵中，除生成酒精外，還有少量有機酸、雜醇油、酯類等物質生成。這些物質對形成醋的風味有一定作用。酵母菌培養和發酵的最適溫度為25～30℃，但因菌種不同稍有差異。
釀醋用的酵母菌與生產酒類使用的酵母相同。適合於高粱原料及速釀醋生產的菌種有南陽混合酵母(1308酵母)；適合於高粱、大米、甘薯等多種原料釀製普通食醋的有K字酵母；適合於澱粉質原料釀醋的有AS 2.109、AS 2.399；適合於糖蜜原料的有AS 2.1189、AS 2.1190。另外，為了增加食醋香氣，有的廠還添加產酯能力強的產酯酵母進行混合發酵，使用的菌株有AS2.300、AS 2.338、中國食品發酵研究所的1295和1312等產酯酵母。
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