根據流行病學、臨床症狀，隻能做出初步診斷，確診需采集發病動物的血液、內髒器官、糞便或采取流產胎兒胃內容物、肝、脾組織，做沙門菌的分離和鑒定。病原學檢測，傳統方法、分子生物學方法、免疫學方法等。血清學檢測：對血清中抗體的檢測(瓊擴、ELISA、免疫熒光等)。
1．細菌的分離及鑒定
用於沙門菌分析的傳統方法總體可分四個不同階段或步驟。第一步是增菌，將樣品加到一種高營養、無選擇性的培養基中，溫度37~C，使沙門菌複蘇及使所有微生物生長。第二步是選擇性增菌步驟，它使沙門菌生長而使肉湯中同時存在的微生物數量減少，目前應用的主要有如下3種類型的培養基：連四硫基鹽肉湯、硒酸鹽胱氨酸肉湯和RV(rappaport-vassiliadis)培養基。由於沒有任何一種培養基可以全麵地保持所有食品基質或各種沙門菌血清型，所以，較適當的做法就是使用兩種培養基平行地進行試驗。第三步是細菌分離，即選擇性培養物在含一種或多種抑製非沙門菌生長製劑的瓊脂乎板上劃線培養，然後對平板上肉眼可見的特征性菌落進行確認，並對該菌落分離物進行一係列生化和血清學檢測。第四步是生化鑒定和血清分型，得出結論。傳統沙門菌檢測法全過程需時至少4—7天，才能得出明確的診斷結果。在對檢測菌株進行血清學鑒定時，應注意沙門菌抗原並非沙門菌所特有，已知弗氏檸檬酸杆菌和大腸埃希菌的許多抗原與沙門菌的抗原完全或部分相同。
2．嗜菌體裂解分屬診斷法
該方法是利用噬菌體對於細菌的裂解作用具有型的特異性或種和屬的特異性這一原理進行的。該方法主要分為四個步驟，先將樣本按常規方法進行前增菌後，劃線接種於鑒別平板，於37~C培養過夜。挑取可疑菌落於2ml腖水管內，使每毫升含細菌約50萬一100萬個。將備好的營養瓊脂平板在37~C烘幹表麵水分，待平板上菌液幹後，用微量加樣器依次加人噬菌體，然後再將平板培養6h以上，觀察結果。根據不同噬菌體對其的裂解率，判定檢測結果。對1181株沙門菌和323株其他菌株進行沙門菌噬菌體O-I裂解試驗，結果表明沙門菌裂解率為99．5％，而非沙門菌裂解率為0．3l％。何曉青等發現一種腸杆菌科分屬診斷噬菌體，鑒定沙門菌隻要6min，加上培養菌落時間隻需2天。張碧波等在應用噬菌體快速檢測沙門菌時，對100個腸杆菌菌株進行噬菌體O-I裂解試驗，30株沙門菌全部為陽性，而其餘非沙門菌全部為陰性，與前人的研究結果一致。因此，應用沙門菌噬菌體O—I裂解試驗對沙門菌的檢測是可靠的。
3．基於代謝產物酶活性的檢測方法
沙門菌在其生長繁殖過程中可合成和釋放某些特異性的酶，按酶的特性，選用相應的底物和指示劑，將它們配製在相關的培養基中。這種技術將傳統的細菌分離與生化反應有機地結合起來，並使得檢測結果直觀，成為今後微生物檢測發展的一個重要發展方向。
據Manafi等報道，沙門菌屬(包括各亞屬)均產生辛酯酶，這一性能是腸杆菌科除沙雷菌屬外其他各屬細菌所不具備的，因此可用來鑒別沙門菌與腸杆菌科其他屬細菌。近來，意大利Biolife公司的試劑“MUCAP Test’可用於檢測腸杆菌科細菌、假單胞菌屬、氣單胞菌屬和類誌賀鄰單胞菌，該法對沙門菌有很高的敏感性和特異性，操作也十分簡便、快速。中華人民共和國進出口商品檢驗行業標準SN 0332—94即為用4—甲基傘形酮辛酯(MUCAP)試劑對沙門菌進行檢驗的方法。
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