（一）天然染料
1、蘇木精 蘇木精是從南美的蘇木（熱帶豆科植物）幹枝中用乙醚浸製出來的一種色素，是最常用的染料之一。蘇木精不能直接染色，必須暴露在通氣的地方，使他變成氧化蘇木精（又叫蘇木素）後才能使用，這叫做“成熟”。蘇木精的“成熟”過程需時較長，配置後時間愈久，染色力愈強。被染材料必須經金屬鹽作媒劑作用後才有著色力。所以在配製蘇木精染劑時都要用媒染劑。常用的媒染劑有硫酸鋁按、鉀明礬和鐵明礬等。
蘇木精是淡黃色到鏽紫色的結晶體，易溶於酒精，微溶於水和甘油，是染細胞核的優良材料，他能把細胞中不同的結構分化出各種不同的顏色。分化時組織所染的顏色因處理的情況而異，用酸性溶液（如鹽酸—酒精）分化後呈紅色，水洗後仍恢複青藍色，用堿性溶液（如氨水）分化後呈藍色，水洗後呈藍黑色。
2、洋紅 洋紅又叫胭脂紅或卡紅。一種熱帶產的雌性胭脂蟲幹燥後，磨成粉末，提取出蟲紅，再用明礬處理，除去其中雜質，就製成洋紅。單純的洋紅不能染色，要經酸性或堿性溶液溶解後才能染色。常用的酸性溶液有冰醋酸或苦味酸，堿性溶液有氨水、硼砂等。
洋紅使細胞核的優良染料，染色的標本不易褪色。用作切片或組織塊染都適宜，尤其適宜於小型材料的整體染色。用洋紅配成的溶液染色後能保持幾年。洋紅溶液出現渾濁時要過濾後再用。
（二）人工染料
人工染料，即苯胺染料或煤焦油染料，種類很多，應用極廣。它的缺點是經日光照射容易褪色，苯胺藍、亮綠、甲基綠等更易褪色。在製片中注意掌握酸堿度，並避免日光直射，也能經幾年不褪色。
1、酸性品紅 酸性品紅是酸性染料，呈紅色粉末狀，能容於水，略溶於酒精（0.3%）。他是良好的細胞製染色劑，在動物製片上應用很廣，在植物製片上用來染皮層、髓部等薄壁細胞和纖維素壁。他跟甲基綠同染，能顯示線粒體。
組織切片在染色前先浸在帶酸性的水中，可增強它的染色力。酸性品紅容易跟堿起作用，所以染色過度，易在自來水中褪色。
2、剛果紅 剛果紅是酸性染料，呈棗紅色粉末狀，能溶於水喝酒精，遇酸呈藍色。他能作染料，也用作指示劑。他在植物製片中常作為蘇木精或其他細胞染料的襯墊劑。他用來染細胞質時，能把膠製或纖維素染成紅色。在動物組織製片中用來染神經軸、彈性纖維、胚胎材料等。剛果紅可以跟蘇木靜作二重染色，也可用作類澱粉染色，由於他能溶於水和酒精，所以洗滌和脫水處理要迅速。
3、甲基藍 甲基藍是弱酸性染料，能溶於水和酒精。甲基藍在動植物的製片技術方麵應用極廣。他跟伊紅合用能染神經細胞，也是細菌製片中不可缺少的染料。它的水溶液是原生動物的活體染色劑。甲基藍極易氧化，因此用他染色後不能長久保存。
4、固綠 固綠是酸性染料，能溶於水（溶解度為4%）和酒精（溶解度為9%）。固綠是一種染含有漿質的纖維素細胞組織的染色劑，在染細胞和植物組織上應用極廣。他和蘇木精、番紅並列為植物組織學上三中最常用的染料。
5、蘇丹Ⅲ 蘇丹Ⅲ是弱酸性染料，呈紅色粉末狀，易溶於脂肪和酒精（溶解度為0.15%）。蘇丹Ⅲ是脂肪染色劑。
6、伊紅 這類染料種類很多。常用的伊紅Y，是酸性染料，呈紅色帶藍的小結晶或棕色粉末狀，溶於水（15攝氏度是溶解度達44%）和酒精（溶於無水酒精的溶解度為2%）。伊紅在動物製片中廣泛應用，是很好的細胞質染料，常用作蘇木精的襯染劑。
7、堿性品（複）紅 堿性品紅是堿性染料，呈暗紅色粉末或結晶狀，能溶於水（溶解度1%）和酒精（溶解度8%）。堿性品紅在生物學製片中用途很廣，可用來染色膠原纖維、彈性纖維、嗜複紅性顆粒和中樞神經組織的核質。在生物學製片中用來染維管束植物的木質化壁，又作為原球藻、輪藻的整體染色。在細菌學製片中，長用來鑒別結核杆菌。在 爾根氏反應中用作組織化學試劑，已核查脫氧核糖核酸。
8、結晶紫 結晶紫是堿性染料，能溶於水（溶解度9%）和酒精（溶解度8.75%）。結晶紫在細胞學、組織學和細菌學等方麵應用極廣，是一種優良的染色劑。他是細胞核染色常用的，用來顯示染色體的中心體，並可染澱粉、纖維蛋白、神經膠質等。凡是用番紅和蘇木精或其他染料染細胞核不能成功時，用它能得到良好的結果。用番紅和結晶紫作染色體的二重染色，染色體染成紅色，紡錘絲染成紫色，所以也是一種顯示細胞分裂的優良染色劑。用結晶紫染纖毛，效果也很好。用結晶紫染色的切片，缺點是不易長久保存。
9、龍膽紫 龍膽紫是混合的堿性染料，主要是結晶紫和甲基紫的混合物。在必要是，龍膽紫能跟結晶紫互相替用。醫藥上用的紫藥水，主要成分是甲基紫，需要時能代替龍膽紫和結晶紫。
10、中性紅 中性紅是弱堿性染料，呈紅色粉末狀，能溶於水（溶解度4%）和酒精（溶解度1.8%）。它的堿性溶液中呈現黃色，在強堿性溶液中呈藍色，而在弱酸性溶液中呈紅色，所以能用作指示劑。中性紅無毒，常做活體染色的染料，用來染原生動物和顯示動植物組織中活細胞的內含物等。陳久的中性紅水溶液，用作顯示尼爾體的常用染料。
11、番紅 番紅是堿性染料，能溶於水和酒精。番紅是細胞學和動植物組織學生常用的染料，能染細胞核、染色體和植物蛋白質，示維管束植物木質化、木栓化和角質化的組織，還能染孢子囊。
12、亞甲藍或美藍 亞甲藍或美藍是堿性染料，呈藍色粉末狀，能溶於水（溶解度9.5%）和酒精（溶解度6%）。亞甲藍是動物學和細胞學染色上十分重要的細胞核染料，其優點是染色不會過深。
13、甲基綠 甲基綠是堿性染料。它是綠色粉末狀，能溶於水（溶解度8%）和酒精（溶解度3%）。甲基綠是最有價值的細胞和染色劑，細胞學上常用來染染色質，跟酸性品紅一起可作植物木質部的染色。
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